数字PCR服务
cdPCR主要以Fluidigm公司的BioMark HD系统以及Life Technology公司的QuantStudio 3D系统为**。Bio Mark系统采用微泵阀式芯片,以聚二甲基硅氧烷为芯片材料,主要依靠微流控通道与阀门的开闭进行原始体系分割,在芯片的反应仓进行PCR反应,然后通过类似于基因芯片的方法扫描每个通孔的荧光信号,进行目的序列含量的计算。QuantStudio 3D系统采用阵列微池式芯片,反应液由进样孔直接进入各微反应池。芯片式dPCR生成微滴体积均一,具有较高的稳定性,体系之间影响较小,但技术操作复杂,通量有限且实验成本较高。提高检测自动化程度,实现一键式检测的自动化检测流程。数字PCR服务
(5)在SARS-CoV-2核酸参考品制备中,数字PCR能够对核酸进行精确的定量,能够提高世界各国SARS-CoV-2核酸测量结果的一致性和准确性。(6)数字PCR能够灵敏检测与定量环境中的病毒RNA浓度,包括从不同环境中取样的样本(如公共区域、病房、医院卫生间、实验室操作员手套、废水等等)。(7)在实验室样品与临床样品病毒突变检测中,数字PCR适合用于已知的SARS-CoV-2遗传变异检测,特别是对于一些低频突变。(8)在抗病毒药物的研发过程中,病毒载量的变化是评估药物有效性的重要指标,借由数字PCR提供的***定量结果,能够给出更具说服力和准确的评价结果。四川Digital PCR数字PCR服务通过直接计数或泊松分布公式计算得到样品的原始浓度或含量。
2013年下半年,Life-technologies推出了QuantStudio 3D数字PCR系统, 这也是目前数字PCR市场上***型号的产品。采用高密度的纳升流控芯片技术,样本均匀分配至20,000个单独的反应孔中。在整个工作流程中,样本之间保持完全隔离 ,可以有效地防止样品交叉污染,减少移液过程,简化操作步骤。同时芯片式设计避免了微滴式系统可能面临的管路堵塞问题。作为Life-technologies在OpenArray芯片平台之外推出的全新的芯片式数字PCR系统,值得一提的是,这个全新的系统在设计理念上综合考虑了系统稳定性与运行成本因素,直接反映了该系统“适合所有分子生物学实验室使用的数字PCR系统”的市场定位。
值得注意的是,在gDNA长度≥20kb或进行拷贝数变异检测实验时,必须对样品进行酶切处理,确保大片段DNA序列或串联序列在酶切处理后,模板随机且均匀的进入**反应体系,以实现准确和精确的定量。数字PCR实验离不开包含有Mg2+、dNTP、Buffer和DNA聚合酶等PCR反应所需要的MasterMix。随着实验的不断深入,对于实验条件的要求也不断提高,其中DNA聚合酶对实验的准确性起着至关重要的作用。由于非热启动的DNA聚合酶在反应体系易使引物在室温条件下发生非特异性扩增,直接影响实验结果。良好的引物探针设计是数字PCR实验获得成功的关键因素之一。
肺*的ALK融合基因检测:ALK融合基因是NSCLC患者另外一个常规的伴随诊断,可以指导ALK-TKI药物的使用,目前已发现20种以上EML4-ALK的融合形式,多个报道证实它们中大部分能促进**生成。另外ALK还可能与TFG、KIF5B、KLC1、PTPN3、STRN等基因发生融合,因此ALK融合突变的诊断具有一定难度。目前临床常规使用的检测手段包括免疫组化(Immunohistochemistry,IHC),荧光原位杂交(Fluorescence in situ hybridization,FISH)以及RT-PCR等三种。这三种方法各具优缺点:IHC相对简单,价格低廉,但是容易受到主观判断的影响;FISH可以检测各种融合类型,但是操作繁琐,价格昂贵;RT-PCR方法的特异性较好,结果客观,但是只能针对已知类型。近期有研究者采用数字PCR,利用ALK基因3’端的过表达来鉴定ALK的融合,该方法既具有PCR方法特异性好、结果客观的优势,同时又不受融合类型的限制,可以检测所有融合型,在与三种传统方法的对比过程中展现出了更好的临床符合率,未来有望成为一种新的常规检测手段。可以用来检测外泌体micRNA。上海准确数字PCR经验丰富
提高检测速度,进一步降低检测时间。数字PCR服务
1999年,Bert Vogelstein创造了“数字PCR”一词,文章正式报道于美国科学院院刊PNAS,并表明该技术可用于发现罕见的**突变。作者是美国**研究者、霍华德·休斯医学研究所研究员贝尔特·福格尔斯泰因(Bert Vogelstein)。目前dPCR主要有两种形式,芯片式和液滴式,但基本原理都是将大量稀释后的核酸溶液分散至芯片的微反应器或微滴中,每个反应器的核酸模板数少于或者等于1个。这样经过PCR循环之后,有一个核酸分子模板的反应器就会给出荧光信号,没有模板的反应器就没有荧光信号。根据相对比例和反应器的体积,就可以推算出原始溶液的核酸浓度。数字PCR服务