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    DNA羟甲基化(5hmC)是被认为是哺乳动物基因组上的第六碱基。Bisulfite-Seq并不能区分甲基化(5mC)和羟甲基化(5hmC)，实际上是5mC和5hmC两种修饰的混合信号，而通过氧化亚硫酸盐测序(oxidativebisulfitesequencing,oxBS-Seq)，先将5hmC氧化为甲酰基修饰(5fC)，进而被亚硫酸盐转换为碱基U，实现DNA甲基化的精细检测。而同时对样本进行BS-Seq和oxBS-Seq测序则可实现对5hmC全基因组，单碱基分辨率的检测，是羟甲基化检测的金标准方案。(12):1730-1741.(IF=)作者利用全基因组氧化-亚硫酸盐测序(WGBS/oxWGBS)得到了肝脏和肺以及配对**组织的全基因组DNA甲基化和羟甲基化图谱。在活跃的基因中，5hmC在CpGIslandshore中呈***富集状态，而在CpGIsland中则呈稀缺状态。对启动子、基因体和转录终止区域的羟甲基化分析，羟甲基化与基因表达有很强的正相关，这表明5hmC是活跃基因的标记，并且可以在由DNA去甲基化调节的基因表达中发挥作用。 DNA甲基化多发生在CpG二核苷酸中的胞嘧啶的5位碳原子。四川WGBS技术服务服务

    MethylationEPICBEadChip兼具***的覆盖范围和高通量功能，因此是EWAS的理想之选。其他优势包括：***的全基因组覆盖范围(>850,000个甲基化位点)CpG岛非CpG和差异甲基化位点FANTOM5增强子ENCODE染色质ENCODE转录因子结合位点miRNA启动子区域实验分析方法重现性98%（针对技术性重复）98%（针对传统HumanMethylation450K芯片对照，MethylationEPIC芯片采用的相同样本）>90%（针对HumanMethylation450K位点内容）用户友好的简化工作流程与FFPE样本兼容MethylationEPICBeadChip遵循用户友好的简化的工作流程，可以从低样本起始量（低至250ng）同时处理多达96个样本该甲基化芯片针对常规样本和FFPE样本提供单CpG位点级别的定量测量，因此能实现超级精细的解析度，方便用户了解表观遗传的变化。 四川WGBS技术服务服务RRBS用于人、哺乳动物及鱼类方向的高水平甲基化研究。

技术优势

1、ChIP-Seq 能实现真正的全基因组分析。目前所能获得的芯片上固定的探针只能**全基因组部分序列，所获得的杂交信息具有偏向性。

2、对于结合位点分析，ChIP-Seq 通过寻找“峰”，结合分辨率可精确到10~30 bp，而芯片上探针由于长度所限，无法精确定位，即使目前比较高水平的商业芯片都无法提供可与ChIP-Seq 媲美的分辨率。

3、是所需样本数量。ChIP-chip 需要多达4~5 μg?的起始样本，在杂交之前需要进行LM-PCR，但可能导致背景增高，竞争性扩增等导致假阳性。而ChIP-Seq *需要纳克级起始材料，如SOLiD 起始材料可低至20ng。

    将待测DNA经过亚硫酸盐处理，通过PCR扩增过程引入T7启动子序列，经T7DNA聚合酶的体外转录过程得到各样本RNA产物，经碱基特异性酶切处理，得到RNA小片段，并用飞行质谱检测每个片段的分子量，***EpiTYPER程序完成数据的自动化处理并报告每个检测片段的甲基化程度。技术优势·检测片段长：扩增片段长度可达500bp·高灵敏度：可发现低至5%甲基化水平，样本起始量低至10ng。·重复性好：变异系数CV≤5%。·高性价比：用384孔板进行PCR反应，一个扩增产物可以进行多重CpG位点分析，无需后续验证，可直接用于文章发表。服务内容1.根据客户提供的序列信息进行预评估；2.进行样本DNA的分离、纯化、质检及亚硫酸盐修饰。3.使用特殊设计的一对引物扩增样本，得到带有T7RNA聚合酶启动子序列的扩增产物。4.在体外转录体系中，利用T7RNA聚合酶，将扩增产物转录为RN**断。5.利用RNaseA能够特异性识别并切割RNA中U3’端的特性，将RN**断切割成携带有CpG位点的小片断。6.使用sequenom®MassArray飞行质谱分析系统检测产物。由于同一片断中，只有CpG和CpA之间16Da的分子量差别，即质谱图中两者峰的差距。 焦磷酸测序能提供基于序列测定的SNP检测、等位基因频率分析和甲基化检测。

DNA甲基化异常用于甲状腺结节诊断

Identification of

Tissue-Specific DNA Methylation Signatures for Thyroid Nodule Diagnostics. Clin

Cancer Res. 2019;15;25(2):544-551 (IF=

10.199)

恶性结节和良性结节常常难以诊断。本课题通过RRBS检测了109个甲状腺组织的DNA甲基化，发现*旁、良性结节和*组织之间存在***差异，并在65个甲状腺结节的回顾性队列样本中得到验证。这些组织特异性DMR与活性增强子和**相关基因密切相关，表明DNA甲基化为甲状腺结节提供准确的诊断。 DNA甲基化是生物界神奇的“帽子”。山东ATAC技术服务

甲基化验证方案是TBS。四川WGBS技术服务服务

    焦磷酸测序（Pyrosequencing）技术服务基于QIAGEN公司的PyroMarkQ96ID平台，能提供基于序列测定的SNP检测、等位基因频率分析和甲基化检测，杂合子缺失及细菌和病毒分型等技术服务。样品要求·样品类型细胞、新鲜组织或DNA样品·样品量细胞样品请提供至少1×106个细胞，组织样品请提供至少100mg的组织块或切片，DNA样品请提供1μg以上的DNA·样品质量基因组DNA无明显降解，主带清晰，大于23Kb，无明显弥散。OD260/280值在～，浓度≥50ng/μl·样品保存细胞样品或新鲜组织块（切成～50mg的小块）可液氮冻存后，-80℃保存。DNA样品可溶于乙醇或超纯水中，-80℃保存。样品保存期间避免反复冻融·样品运输样品置于ml冻存管中，封口膜封好，干冰运输。 四川WGBS技术服务服务