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Agilent平台因为MeDIP技术本身的特点,都不能到达单碱基的分辨率,而Illumina的Infinium和GoldenGate检测技术却做得到。Illumina的Infinium甲基化检测技术来源与前期的SNP检测,采用的是单碱基延伸的原理。分析利用两个位点特异的探针检测这些序列差异的位点,一个探针是为甲基化位点(M磁珠类型)设计的,而另一个是为未甲基化位点(U磁珠类型)设计的。探针的单碱基延伸掺入了一个标记的ddNTP,它随后被荧光试剂染色。通过计算甲基化与未甲基化位点的荧光信号比例,可确定检测位点的甲基化水平。Illumina公司早期推出的InfiniumHumanMethylation27BeadChip芯片覆盖27,578个CpG位点。这款芯片在医学领域有***的应用,除了和**相关的甲基化筛选之外,也能用于其他疾病相关甲基化检测。因此对这款产品,研究者给予了很高的评价,目前此产品已停产,取而代之的是InfiniumHumanMethylation450BeadChip芯片。它以单碱基分辨率覆盖了基因组中超过45万个甲基化位点,实现了基因区域和CpG岛的***覆盖。此外,还包括CpG岛之外的CpG位点,在人类干细胞中鉴定出的非CpG甲基化位点,以及**和正常组织中差异表达的甲基化位点等等。它的高覆盖度、高通量以及低价格。 云生物提供测序服务。ATAC技术服务服务
重亚硫酸盐处理结合测序是目前检测甲基化的金标准。除了全基因组甲基化测序技术等研究手段,对于大样本量甲基化研究来说,更需要灵活、有针对性的技术方案。NGS-BSP方法适合几个到几十个基因或者位点进行大样本甲基化测序或者验证项目,具有更快速的实验周期及低成本优势。技术优势高效灵活的目标区域甲基化检测的工具BSP和高通量测序完美结合,单碱基分辨率适合几个到几十个位点的大样本验证项目适合所有动物样本、周期快、检测位点灵活、性价比高科学方案设计从项目背景了解、协助方案设计、实验材料选取、建库测序,到数据分析每个项目有特定的科学问题;需要专业、有价值的建议;科学、缜密的设计及时高效的沟通;以保障高质量研究成果样本要求:基因组DNA:>=1ug(20个区域/位点);样品浓度>30ng/ul;无RNA和蛋白污染建库测序:测序策略:IlluminaHiSeq,PE150;测序深度:>。 辽宁RIP-seq技术服务共同合作中小样本筛选, 大样本中进一步验证。
亚硫酸盐结合测序是DNA甲基化检测的“金标准”方案。除了全基因组甲基化测序等研究手段,对于目标基因/位点检测或者转化医学应用研究来说,需要灵活的靶向甲基化测序方案。BSP(BisulfiteSequencingPCR)结合高通量测序的TargetBisulfiteSequencing满足几个到上百个基因/位点的验证需求,具有高通量、低成本的优势,***用于临床大样本多位点的甲基化biomarker筛选及高水平文章甲基化验证环节。微生物定植对肠道免疫和代谢相关基因DNA甲基化的影响——团队成员发表.(IF=)我们以早产幼猪为模型,利用RRBS测序比较正常(n=7)和口服***(n=7)的肠道DNA甲基化差异,发现与先天免疫应答、吞噬和代谢等相关基因的DNA甲基化和表达存在***的差异,并通过高通量BSP测序对EGFL7、LBP8、PTPRE差异甲基化基因进行了验证。
GOS2基因靶向甲基化测序确定了一种快速复发、常规致死的肾上腺皮质*亚型
Targeted Assessment of G0S2
Methylation Identifies a Rapidly Recurrent, Routinely Fatal Molecular Subtype
of Adrenocortical Carcinoma. Clin Cancer Res. 2019; 25(11):3276-3288.
(IF= 10.199)
研究者分析了ACC-TCGA数据,在114例肾上腺皮质**的**队列中鉴定了一个在CIMP高ACC中***被高甲基化并沉默的基因G0S2,并通过高通量BSP得到验证。G0S2基因CpG岛高甲基化**预测不良临床后果,是ACC快速复发或致死的标志。评估G0S2甲基化对临床决策是直接可行的,并有助于对侵袭性ACC进行有效辅助***。 芯片平台作为目前比较成熟的筛选工具。
2019国自然基金解析—甲基化研究专题。从生命科学部和医学科学部总体来看:2019年度,生命科学部获自然科学基金委批准资助6478项(不含杰出青年基金项目),批准资助金额共计,单项平均资助金额。2019年度,医学科学部共批资助10138项(不含杰出青年基金项目),批准资助金额共计,单项平均资助金额。从甲基化研究方向来看,与甲基化研究相关的项目总数达283项,项目总金额超过12669万元。其中生命科学部项目总数62项,项目金额3235万元,医学科学部项目总数221项,项目金额9434万元。从2011-2019年甲基化研究方向的项目金额和项目数目分析,整体呈上升趋势;从医学科学部来看,甲基化研究项目获批数量221项,项目金额达到9434万,较之2018年度项目获批金额(7166万元)上升趋势尤为明显,可以看出,甲基化研究日益成为国自然的研究热点。 焦磷酸测序技术是甲基化检测新的金标准。重庆850K芯片技术服务口碑推荐
重亚硫酸盐处理结合测序是目前检测甲基化的金标准。ATAC技术服务服务
荧光定量法(Methylight)
这种技术是在MSP技术上发展起来的,在MSP扩增过程中利用荧光染料进行定量。TaqMan? 探针法的应用使得该技术具有更高的精确性。其原理与SNP检测类似,针对亚硫酸氢盐处理之后的DN**段,在甲基化位点上会存在单碱基的差异,根据这种差异进行探针设计,随后进行实时定量PCR,就能够检测甲基化的差异。这种方法**的优势在于其高敏感性和较高通量,且无需在PCR后电泳、杂交等操作,减少了污染和操作误差。但是TaqMan? 探针订购费用较高,适用于少数位点大量样本筛选。 ATAC技术服务服务