浙江RRBS技术服务活动

    DNA甲基化（DNAmethylation）是指在DNA甲基化转移酶（DNMT）催化下，以S-腺苷甲硫氨酸为甲基供体，将活性甲基转移至DNA链中特定碱基上的化学修饰过程。哺乳动物基因组中，DNA甲基化多发生在CpG二核苷酸中的胞嘧啶的5位碳原子。DNA甲基化是一种表观（epigenetic）修饰，它在不改变DNA序列的情况下，对个体的生长、发育、基因表达模式以及基因组的稳定性起到重要的调控作用，这种修饰是可逆的，并且这种修饰在发育和细胞增殖的过程中是可以稳定传递的。近年来的大量研究表明，DNA异常甲基化与**的发生、发展、细胞*变有着密切的联系。DNA甲基化在**中的作用主要表现在以下几个方面：一是甲基化的CpG岛二核苷酸中的胞嘧啶以较高的频率脱氨基变成胸腺嘧啶，造成碱基突变；二是抑*基因和DNA修复基因由于超甲基化而沉默；三是*基因甲基化水平降低而活化；四是基因组总体甲基化水平降低使转座子、重复序列活化导致染色体稳定性下降。这些因素是导致**发展、转移、恶化**终导致患者死亡的重要原因。其中后三个方面源于甲基化水平的改变，而甲基化的过程是可逆的，因此可以甲基化位点为靶点，靶向用药进行**的预防、***。 焦磷酸测序能提供基于序列测定的SNP检测、等位基因频率分析和甲基化检测。浙江RRBS技术服务活动

DNA甲基化作为表观遗传学研究的重要范畴，已经越来越受到研究者的关注。近些年来，随着DNA甲基化与组蛋白甲基化的联合作用机制、RNA干扰机制及去甲基化机制的发现，使得DNA甲基化研究受到***关注，从医学领域扩展到动植物研究当中，同时在研究方法上也取得了很大的突破。现在用于DNA甲基化检测的方法大概有十多种，从应用上来分，大致可以分成两类：全基因组甲基化分析及特异位点甲基化检测。下面，我们就这两大类检测技术进行分析比较，以便于在实际的科研工作中进行选择。北京Chip-seq技术服务售后分析TBS具有高深度、定量、高准确性 。

甲基化敏感性高分辨率熔解曲线分析(MS-HRM)

通过熔解曲线分析可以将单碱基序列的差异转变成熔解曲线的差异，因此DNA样本经过亚硫酸氢盐处理后，甲基化与未甲基化DNA会存在序列差异，这种差异可通过熔解曲线分析来发现。使用该方法进行甲基化分析*需一对引物，相对简单，不过这种方法对仪器的要求颇高，需要带HRM模块的荧光定量PCR仪，并且在进行实时定量PCR过程中，需要使用饱和的荧光染料。利用MS-HRM技术进行甲基化检测只能对检测片段整体甲基化情况进行分析，并不能明确每个CpG位点的甲基化状态。因此这种技术适用于大量样本的检测，筛选出感兴趣的CPG位点，然后利用其他方法进行单个位点的精确检测及甲基化程度的精确定量。

    虽然焦磷酸测序可以进行单个位点甲基化程度的精确定量，但是目前来看，测序的片段长度还比较短，只有一百多bp，其中有效长度约为60bp。以上是对几种常用的特异位点甲基化检测方法进行了介绍及比较，还有一些检测技术是在常用的检测手段上进行优化或者将不同的方法进行结合应用，比如以MSP方法为基础，发展了SMART-MSP技术，该技术利用定量技术对MSP扩增过程进行检测，同时后续结合HRM技术来分析甲基化差异。此外，利用质谱平台进行甲基化检测的有MALDI-TOF技术，可以对甲基化进行精确检测并能进行高通量筛选。从对这些技术的比较分析来看，没中检测技术都有各自的优点，并也存在一定的局限性，研究者可以根据自己的实际研究情况进行选择。在特异甲基化位点检测上，能够提供BSP、HRM及焦磷酸测序三种技术的完整的检测服务，具有丰富的经验，帮助客户加速甲基化研究进程。 中小样本筛选, 大样本中进一步验证。

发育基因的表观突变是养殖欧洲鲈鱼开始驯化的基础

Epimutations in developmental

genes underlie the onset of domestication in farmed European sea bass. Mol Biol Evol. 2019 May 30 (IF= 14.797)

本研究通过RRBS测序，比较了早期驯化的

(n=12)与野生的(n=12)

欧洲鲈鱼在驯化过程中DNA甲基化变化，发现早期驯化的鲈鱼与野生的没有遗传差异，但在不同胚胎起源的组织中发生DNA甲基化变化。这些甲基化突变与经过25年选择性育种后的胞嘧啶至胸腺嘧啶多态性***重叠，表观突变基因与正选择基因一致。结果表明驯化初始阶的表观变异是一个重要事件。 通过甲基化数据，筛选疾病耐药的差异甲基化。浙江焦磷酸测序技术服务服务

WGBS用于人、哺乳动物及农林牧渔方向的高水平甲基化研究。浙江RRBS技术服务活动

联合亚硫酸氢钠的限制性内切酶分析法（COBRA）

这种方法是将亚硫酸氢盐处理与酶切相结合来进行甲基化检测。DNA样本经亚硫酸氢盐处理后，利用PCR扩增。扩增产物纯化后用限制性内切酶（BstUI）消化。若其识别序列中的C发生完全甲基化(5mCG5mCG)，则 PCR扩增后保留为CGCG，BstU I能够识别并进行切割；若待测序列中，C未发生甲基化，则PCR后转变为TGTG，BstUI识别位点丢失，不能进行切割。这样酶切产物再经电泳分离、探针杂交、扫描定量后即可计算出原样本中甲基化的比例。

这种方法**的优点就是相对简单，可进行快速定量，且需要的样本量少。然而，它的局限性也十分明显，只能获得特殊酶切位点的甲基化情况，且阴性结果并不能排除样品DNA中存在甲基化的可能。 浙江RRBS技术服务活动