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    大豆驯化和改良过程中的DNA甲基化足迹(1):128.(IF=)本课题通过WGBS技术比较了野生大豆、地方品种和改良品种(n=45)在大豆驯化与改良过程中DNA甲基化的变化，鉴定了5412个甲基化差异区域(DMR),而这些DMR基因富集在碳水化合物代谢途径。这为大豆不同品种间DNA甲基化提供了有价值的图谱，拓展了大豆驯化与改良的认识。血浆DNA甲基化分析提示EBV病毒相关疾病的病因(1):3256(IF=)本研究通过对鼻咽*(NPC,n=15)、EBV相关性淋巴瘤(n=9)和传染性单核细胞增多症患者(n=5)的血浆游离DNA进行WGBS测序分析，发现EBVDNA甲基化图谱呈现疾病相关模式。这表明在鼻咽*诊断中进行血浆EBVDNA甲基化分析具有重要的潜力。 cfDNA，cell free DNA，就是血液中游离的自身DNA。北京MeDIP-Seq技术服务专业服务

    DNA甲基化是在DNA甲基化转移酶(Dnmt)的作用下将甲基选择性地添加到胞嘧啶上形成5-胞嘧啶的过程，刚被发现时被定义为第五种碱基，实际上它是一种重要的表观遗传学标记，在调控基因表达、维持染色质结构、基因印记、X染色体失活以及胚胎发育等生物学过程中发挥着重大的作用，它就像魔术师手中一顶**神奇的“帽子”，带给世人层出不穷的惊喜。DNA甲基化的发生、保持和去除都处在生物体精细的调控中，一旦发生紊乱，对于动物而言将导致胚胎死亡或者**等重大疾病，对于植物而言将会出现各种的表型缺陷，那么这顶神奇的“帽子”是如何发挥它神奇功用的呢？这个问题成为整个生物界**热的研究焦点之一。研究者们从DNA甲基化的发生机制，保持机制到去甲基化机制，从基因组甲基化状况研究到特异位点甲基化状况研究，从**初CpG位点的研究到non-CpG位点的研究，从高甲基化研究到低甲基化、未甲基化研究，以及与其密切相关的羟甲基化也慢慢进入人们的视野，***多角度解析DNA甲基化。在Nature、Science、Cell等**杂志上经常能看到它熟悉的身影，说它是生物学研究的“宠儿”一点都不为过。正所谓“工欲善其事，必先利其器”。 北京MeDIP-Seq技术服务专业服务提供样本DNA完整性质检结果。

    全基因组甲基化测序（WholeGenomeBisulfiteSequencing,WGBS）是将重亚硫酸盐Bisulfite处理和高通量测序技术相结合，对有参考基因组进行全基因组范围的单碱基分辨率的甲基化测序，是DNA甲基化检测的“金标准”。WGBS满足全基因组DNA甲基化图谱及疾病关联分析、基因调控分析、疾病的甲基化标志物筛选等探索性课题的研究。技术优势DNA甲基化检测**有力的工具单碱基分辨率，检测每个C碱基的甲基化状态全基因组范围，**限度地获得甲基化信息适合所有有参考基因组的物种适合各种类型的样本样本要求：基因组DNA:>=3ug；样品浓度>30ng/ul；无RNA和蛋白污染建库测序：测序策略：IlluminaHiSeq,PE150；测序深度：>=30X信息分析基于全基因组范围的甲基化分析，数据质控，5mCCalling，5mC在基因组、染色体、功能元件上的分布，多样本甲基化差异聚类，差异甲基化DMR鉴定及相关基因的功能分析，结合项目背景和科学问题的数据亮点挖掘。

    MethylationEPICBEadChip兼具***的覆盖范围和高通量功能，因此是EWAS的理想之选。其他优势包括：***的全基因组覆盖范围(>850,000个甲基化位点)CpG岛非CpG和差异甲基化位点FANTOM5增强子ENCODE染色质ENCODE转录因子结合位点miRNA启动子区域实验分析方法重现性98%（针对技术性重复）98%（针对传统HumanMethylation450K芯片对照，MethylationEPIC芯片采用的相同样本）>90%（针对HumanMethylation450K位点内容）用户友好的简化工作流程与FFPE样本兼容MethylationEPICBeadChip遵循用户友好的简化的工作流程，可以从低样本起始量（低至250ng）同时处理多达96个样本该甲基化芯片针对常规样本和FFPE样本提供单CpG位点级别的定量测量，因此能实现超级精细的解析度，方便用户了解表观遗传的变化。 通过甲基化数据，筛选疾病耐药的差异甲基化。

微生物定植对肠道免疫和代谢相关基因DNA甲基化的影响——团队成员发表

Early microbial colonization

affects DNA methylation of genes related to intestinal immunity and metabolism

in preterm pigs. DNA Res. 2018 Jan 19. (IF= 5.415)

我们以早产幼猪为模型，采用RRBS测序，比较正常(CON,

n=7) 和口服*** (AB, n=7)早产猪的肠道DNA甲基化差异，发现***减少了细菌密度及多样性，同时改变了DNA甲基化水平。其中与先天免疫应答、吞噬、内皮稳态和组织代谢等相关基因的DNA甲基化和表达存在***的差异。这种有赖肠道菌群的表观遗传修饰参与调控肠道免疫及营养代谢等，可能对早产儿的短期和长期的肠道健康至关重要。 ATAC-seq实验过程短，从实验到分析可达2周。上海技术服务共同合作

焦磷酸测序技术是甲基化检测新的金标准。北京MeDIP-Seq技术服务专业服务

    甲基化-焦磷酸测序（升级版）之前的仪器是Q96，也就是说同时可以上96个反应，但是有效读长只有50bp左右（50bp之后开始衰减，后面的序列只能作为参考）；升级版的Q48，也就是48孔，每次上48个反应，但有效长度可以到100bp左右，而且之前很多不能测过去的特殊结构，现在大部分也能测了。甲基化--------焦磷酸测序的优势。样品要求·样品类型细胞、新鲜组织或DNA样品·样品量细胞样品请提供至少1×106个细胞，组织样品请提供至少100mg的组织块或切片，DNA样品请提供1μg以上的DNA·样品质量基因组DNA无明显降解，主带清晰，大于23Kb，无明显弥散。OD260/280值在～，浓度≥50ng/μl·样品保存细胞样品或新鲜组织块（切成～50mg的小块）可液氮冻存后，-80℃保存。DNA样品可溶于乙醇或超纯水中，-80℃保存。样品保存期间避免反复冻融·样品运输样品置于ml冻存管中，封口膜封好。 北京MeDIP-Seq技术服务专业服务