江苏SLAMseq代谢标记试剂盒Lexogen试剂盒活动

时间:2021年04月27日 来源:

    GlobinBlock模块在血液RNA样本上的表现:使用GlobinBlock在QuantSeq文库构建过程中无需额外的操作步骤:对于生物及疾病相关研究,血液是一种信息量大且易于获得的样本。GlobinmRNAs(HBA1,HBA2,HBB)占血液总RNA的50-80%,严重影响了基因检测和定量的灵敏度。其他GlobinRNA的去除方法需要前处理RNA,需要高起始量的RNA,额外增加成本。LexogenQuantseq的GlobinBlock模块能通过简单的方法直接在建库流程中去除GlobinRNA,input量低至50ng的血液RNA。GlobinBlock模块与QuantSeq3’mRNA-Seq建库试剂盒搭配使用。GlobinBlockers在Quantseq流程中引入优化的GlobinRNA去除流程(RS-GlobinBlock):GlobinBlockers结合Globin***链cDNA,阻止GlobinmRNA形成双链cDNA。GlobinBlock兼容自动化平台,可用于人、猪样本。 您了解Lexogen试剂盒的优势吗?江苏SLAMseq代谢标记试剂盒Lexogen试剂盒活动

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SLAMseq代谢标记试剂盒SLAM-ITseq: 确定哺乳动物体内特定组织和细胞类型的基因表达。对于该应用,将4-硫尿嘧啶(4-Thiouracil,不是LAMseq中的S4U)注射到转基因生物体中,例如*在特定细胞类型中表达尿嘧啶磷酸核糖基转移酶(UPRT)的小鼠中,新合成RNA*在该细胞类型中被标记,然后提取纯化RNA,***进行标准SLAMseq分析。可根据RNA -seq数据中碱基的转换信息,对体内特定组织和细胞类型的基因表达进行定量(Matsushima et al.,2018)。 SLAMseq合成代谢动力学试剂盒模块包含SLAM-ITseq所需的组分(4-Thiouracil除外),同时SLAMdunk软件与SLAM -ITseq数据兼容,可对其进行分析。

    Quantseq有非常高的灵敏度。测序量在reads时,RNA完整性好的新鲜冷冻样本中检测到25,842个基因(数据未显示)。当单个样本测序数据量在,在新鲜冷冻样本中检测出20,081个基因,且每个基因只少有1个read;相应的,在FFPE样本中能检测到15,190个,两者有24%的差异()。但是,当阈值提高到5或者10个reads/基因时,差异分别下降至3%和1%。此对比数据表示Quantseq可在冷冻样本和FFPE样本中准确检测基因表达。两者之间在低表达基因检测存在的差异,是由于FFPE样本在处理、储存及回收过程中低拷贝转录本很容易降解至无法检测到。Quantseq用oligo(dT)引物进行逆转录,每个转录本只产生1个片段。这样能够使得无论RNA的质量如何(包含FFPE样本)都可准确定量。标准的mRNA-seq操作流程旨在覆盖整个转录本,但是在使用降解样本时将导致严重的3’偏好性。因此,相对于其他用Poly(A)分选mRNA操作流程,Quantseq3’mRNA-Seq更有效的对低质量的样本进行建库。 买Lexogen试剂盒找云生物。

Mix2 RNA-Seq 数据分析软件:Mix2 (Mix-Square)通过RNA-Seq数据中的位置覆盖偏差,来准确计算出基因isoform的丰度。使用Mix2进行isoform定量是可重复跨变量条件的,并可准确检测差异表达。

优势:

l 准确评估转录本浓度;

l 不同测序设备、文库制备和各种降解类型RNA,丰度评测的结果都可重复;

l 准确检测差异表达;

l 可以对RNA测序中的数据偏差类型进行检测并归类;

l 运算速度超快,且占用内存小。

工作原理:RNA测序中isoform定量的准确性和重复性,受RNA测序数据中的片段偏差的影响。Mix2没有对覆盖偏差做出任何假设,而是将混合模型与每个基因的isoform数据进行拟合。因此,Mix2可以准确地表现5'偏差,而Cufflinks软件**于均匀分布。 云生物主做Lexogen试剂盒的批发销售。江苏链合成Lexogen试剂盒代理价格


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Lexogen LUTHOR 3' mRNA-Seq单细胞建库试剂盒:细胞间的差异在多细胞生物中普遍存在。对单个细胞进行测序可以评估基因表达的异质性及相似类型或来源的细胞之间的异质性,并为鉴定细胞群、分类和亚型提供基础。传统的文库转化率只有所有转录本的10-20%。因此,目前的单细胞方法依赖于对数千个细胞进行测序通过增加数据测序深度来弥补低转换效率。然后只使用高丰度的marker转录本对细胞进行聚类。

THOR扩增技术和LUTHOR 3’mRNA-Seq:THOR稳定的扩增技术可对内源性mRNA模板直接进行线性复制生成更多RNA拷贝。原始mRNA与扩增所需的T7启动子融合。然后,RNA模板在体外转录产生反义RNA拷贝,但缺乏启动子序列。只有原始的mRNA分子作为模板,并被反复放大。从而提高RNA浓度,制备文库。文库是在一个高度特异性的链转换步骤中生成的。完整的LUTHOR工作流没有连接、模板转换和打断 ,因此可用于具有挑战性的样本。通过PCR扩增得到单链的cDNA,并引入与Illumina平台兼容的用于簇生成和i5、i7位置的UDIs的全长接头。Lexogen提供预混合的12nt UDIs index。


无与伦比的灵敏度

对于**input量和单细胞测序可获得高质量结果表现

优异的重现性


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