四川MeDIP-Seq技术服务共同合作

    cfDNABS-Seq送样要求一、送样类型分离好的血浆二、保存方式分离后的血浆，用ml离心管分装，例如：1ml/管；放-20℃冰箱中保存（短暂保存，1-2周）；放-80℃冰箱中长期保存(1年以内)；保存期间不能冻融。三、运输条件干冰运输：顺丰陆运（3-4天时间），夏季10-15公斤干冰；秋冬季10公斤干冰四、抽血要求1、使用Streck采血管（不建议使用普通的EDTA-钠抗凝管），采集10ml外周静脉血（客户没有Streck采血管，公司配送）；2、室温或者放置4℃冰箱中半小时以上，不超过8小时，进行血浆分离步骤五、血浆分离步骤1、4℃条件下以1600g离心10min，离心后将上清（血浆）分装到2、4℃条件下以16000g离心10min去除残余细胞，将上清移入新的离心管中，每管分装1ml;3、血浆样本存放于-80℃冰箱中保存;使用干冰运输,提取之前不能冻融。备注1：血浆分离在4℃条件进行，如果客户没有冷冻离心机，也可以在室温条件下进行；备注2：离心后取血浆上清，避免吸取白细胞；通常10ml全血可以获得4-5ml血浆。 细胞、全血、组织样本干冰运输。四川MeDIP-Seq技术服务共同合作

    DNA甲基化（DNAmethylation）是指在DNA甲基化转移酶（DNMT）催化下，以S-腺苷甲硫氨酸为甲基供体，将活性甲基转移至DNA链中特定碱基上的化学修饰过程。哺乳动物基因组中，DNA甲基化多发生在CpG二核苷酸中的胞嘧啶的5位碳原子。DNA甲基化是一种表观（epigenetic）修饰，它在不改变DNA序列的情况下，对个体的生长、发育、基因表达模式以及基因组的稳定性起到重要的调控作用，这种修饰是可逆的，并且这种修饰在发育和细胞增殖的过程中是可以稳定传递的。近年来的大量研究表明，DNA异常甲基化与**的发生、发展、细胞*变有着密切的联系。DNA甲基化在**中的作用主要表现在以下几个方面：一是甲基化的CpG岛二核苷酸中的胞嘧啶以较高的频率脱氨基变成胸腺嘧啶，造成碱基突变；二是抑*基因和DNA修复基因由于超甲基化而沉默；三是*基因甲基化水平降低而活化；四是基因组总体甲基化水平降低使转座子、重复序列活化导致染色体稳定性下降。这些因素是导致**发展、转移、恶化**终导致患者死亡的重要原因。其中后三个方面源于甲基化水平的改变，而甲基化的过程是可逆的，因此可以甲基化位点为靶点，靶向用药进行**的预防、***。 陕西850K芯片技术服务怎么样ChIP-Seq 能实现真正的全基因组分析。

    全基因组甲基化测序(WholeGenomeBisulfiteSequencing,WGBS)是结合重亚硫酸盐Bisulfite处理和高通量测序，对有参考基因组进行全基因组的单碱基分辨率的甲基化检测“金标准”方案，***用于人、哺乳动物及农林牧渔方向的高水平甲基化研究。WGBS满足全基因组DNA甲基化图谱及疾病关联分析、基因调控分析、疾病的甲基化标志物筛选等探索性课题的研究。灵长类早期着床前胚胎发育中的DNA甲基化重编程研究——(团队成员发表).(IF=)灵长类胚胎发生的关键表观遗传调控需要DNA甲基化重编程。我们首先建立了基于转座酶的超微量WGBS测序技术，详细研究了猕猴早期着床前胚胎7个阶段(Sperm、Oocytes、Zygotes、2-cell、8-cell、Morula和ICM)的DNA甲基化动态变化过程。******阐明了DNA甲基化动力学的“盈与亏”阶段特征，并通过DNA甲基转移酶功能缺失实验表明DNA甲基化影响早期猴胚胎发育。

DNA甲基化异常用于甲状腺结节诊断

Identification of

Tissue-Specific DNA Methylation Signatures for Thyroid Nodule Diagnostics. Clin

Cancer Res. 2019;15;25(2):544-551 (IF=

10.199)

恶性结节和良性结节常常难以诊断。本课题通过RRBS检测了109个甲状腺组织的DNA甲基化，发现*旁、良性结节和*组织之间存在***差异，并在65个甲状腺结节的回顾性队列样本中得到验证。这些组织特异性DMR与活性增强子和**相关基因密切相关，表明DNA甲基化为甲状腺结节提供准确的诊断。 DNA异常甲基化与疾病的发生、发展有着密切的联系。

    甲基化DNA免疫沉淀测序（MethylatedDNAImmunoprecipitationSequencing，MeDIP-Seq）是通过5mC特异性抗体富集甲基化的DN**段，然后结合高通量测序技术在全基因组水平上以较小的数据量，快速、高效地寻找甲基化区域。可广泛应用于甲基化与疾病关系研究。技术优势全基因组范围鉴定甲基化修饰区域针对性检测基因组内具有甲基化修饰的区域与WGBS技术相比，成本更低科学方案设计从项目背景了解、协助方案设计、实验材料选取、建库测序，到数据分析每个项目有特定的科学问题；需要专业、有价值的建议；科学、缜密的设计及时高效的沟通；以保障高质量研究成果样本要求：基因组DNA:>=3ug；样品浓度>50ng/ul；无RNA和蛋白污染建库测序：测序策略：IlluminaHiSeq,PE150。 通过甲基化数据与耐药基因Panel数据联合分析。江苏TBS技术服务经验丰富

基因组DNA冰袋或者干冰运输。四川MeDIP-Seq技术服务共同合作

    ATAC-seq（AssayforTransposase-AccessibleChromatinwithhighthroughputsequencing）是使用高通量测序对Tn5转座酶可接近的核染色质区域进行测序分析的一种研究技术；该技术由美国斯坦福大学的研究人员开发，2013年***发表在NatureMethods（Buenrostroetal.,2013）。通过转座酶对特定时空下开放的核染色质区域进行切割，获得在该时空下基因组中所有活跃转录的调控序列。应用领域，通常并不单独使用。作为检测表观遗传-染色质开放状态现象的方式，与样本基因表达谱紧密相连，从靶标基因的表观状态关联到表达水平，具有强大的数据挖掘作用。2.通过关联基因组、外显子，染色质免疫共沉淀（组蛋白修饰或转录因子结合）测序信息，形成：表观调控-基因组-基因表达的完整调控链。 四川MeDIP-Seq技术服务共同合作