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时间:2022年02月14日 来源:

    MethylationEPICBEadChip兼具***的覆盖范围和高通量功能,因此是EWAS的理想之选。其他优势包括:***的全基因组覆盖范围(>850,000个甲基化位点)CpG岛非CpG和差异甲基化位点FANTOM5增强子ENCODE染色质ENCODE转录因子结合位点miRNA启动子区域实验分析方法重现性98%(针对技术性重复)98%(针对传统HumanMethylation450K芯片对照,MethylationEPIC芯片采用的相同样本)>90%(针对HumanMethylation450K位点内容)用户友好的简化工作流程与FFPE样本兼容MethylationEPICBeadChip遵循用户友好的简化的工作流程,可以从低样本起始量(低至250ng)同时处理多达96个样本该甲基化芯片针对常规样本和FFPE样本提供单CpG位点级别的定量测量,因此能实现超级精细的解析度,方便用户了解表观遗传的变化。 在正常组织里, 70%到90%散在的CpG是被甲基修饰的。6mA技术服务共同合作

    WGBS送样要求一、送样类型基因组DNA、细胞、全血、动植物组织、FFPE二、保存方式1、基因组DNA、细胞、全血、动植物组织:放-20℃冰箱中保存,或者放-80℃冰箱中长期保存(1年以内);保存期间避免反复冻融。2、FFPE样本:室温保存三、运输条件1、基因组DNA:冰袋或者干冰运输;2、细胞、全血、组织样本:干冰运输,顺丰陆运(3-4天时间),夏季10-15公斤干冰;秋冬季10公斤干冰;3、FFPE样本:室温运输。四、样本量要求1、基因组DNA:常规WGBS,不少于2ug;微量WGBS,20ng1)提供样本DNA完整性质检结果,例如琼脂糖凝胶电泳或者Agilent2100电泳等;2)提取基因组DNA,要加RNA酶,去除RNA污染;3)提取基因组DNA,溶到TE或者elutionbuffer,避免溶解到纯水;样本体积不超过100ul;4)提供Qubit检测浓度,基于OD值的检测方法,例如NanoDrop,会严重高估浓度。2、细胞样本:常规WGBS,不少于5x10*6个细胞;微量WGBS,5000个细胞1)收集贴壁或者悬浮细胞、使用预冷的1×PBS,洗涤2次,600g离心5分钟;2)***一次离心后,尽量去除上清PBS,保留细胞沉淀;3、全血样本:2-5ml外周血使用普通EDTA抗凝管,避免使用肝素抗凝管。4、动植物组织:动物组织,30mg以上;植物组织,不同组织。 江苏技术服务服务全基因组甲基化分析及特异位点甲基化检测。

    全基因组甲基化测序(WholeGenomeBisulfiteSequencing,WGBS)是结合重亚硫酸盐Bisulfite处理和高通量测序,对有参考基因组进行全基因组的单碱基分辨率的甲基化检测“金标准”方案,***用于人、哺乳动物及农林牧渔方向的高水平甲基化研究。WGBS满足全基因组DNA甲基化图谱及疾病关联分析、基因调控分析、疾病的甲基化标志物筛选等探索性课题的研究。灵长类早期着床前胚胎发育中的DNA甲基化重编程研究——(团队成员发表).(IF=)灵长类胚胎发生的关键表观遗传调控需要DNA甲基化重编程。我们首先建立了基于转座酶的超微量WGBS测序技术,详细研究了猕猴早期着床前胚胎7个阶段(Sperm、Oocytes、Zygotes、2-cell、8-cell、Morula和ICM)的DNA甲基化动态变化过程。******阐明了DNA甲基化动力学的“盈与亏”阶段特征,并通过DNA甲基转移酶功能缺失实验表明DNA甲基化影响早期猴胚胎发育。

    甲基化DNA免疫沉淀测序(MethylatedDNAImmunoprecipitationSequencing,MeDIP-Seq)是通过5mC特异性抗体富集甲基化的DN**段,然后结合高通量测序技术在全基因组水平上以较小的数据量,快速、高效地寻找甲基化区域。可广泛应用于甲基化与疾病关系研究。技术优势全基因组范围鉴定甲基化修饰区域针对性检测基因组内具有甲基化修饰的区域与WGBS技术相比,成本更低科学方案设计从项目背景了解、协助方案设计、实验材料选取、建库测序,到数据分析每个项目有特定的科学问题;需要专业、有价值的建议;科学、缜密的设计及时高效的沟通;以保障高质量研究成果样本要求:基因组DNA:>=3ug;样品浓度>50ng/ul;无RNA和蛋白污染建库测序:测序策略:IlluminaHiSeq,PE150。 高通量BSP测序结果多种展示形式。

安捷伦公司芯片平台因其强大的eArray探针设计平台,可以进行芯片的定制。在甲基化领域同样适用。合作伙伴利用Agilent芯片平台设计了一款专门针对**启动子区域CpG岛的甲基化芯片。绝大多数基因是针对基因的启动子区域的CpG岛设计探针。这款芯片上一共有4160个功能注释比较明确的基因,其中2128个和**发生有关系。从功能上分,有256基因和细胞凋亡有关,1273个基因和信号传导有关,487个基因和压力和衰老有关。采用的是8*60K的芯片格式。利用MeDIP原理进行甲基化检测的方法探针的分辨率可以精确到100 bp。云生物提供甲基化服务。广东850K芯片技术服务欢迎咨询

DNA异常甲基化与疾病的发生、发展有着密切的联系。6mA技术服务共同合作

GOS2基因靶向甲基化测序确定了一种快速复发、常规致死的肾上腺皮质*亚型

Targeted Assessment of G0S2

Methylation Identifies a Rapidly Recurrent, Routinely Fatal Molecular Subtype

of Adrenocortical Carcinoma. Clin Cancer Res. 2019; 25(11):3276-3288.

(IF= 10.199)

研究者分析了ACC-TCGA数据,在114例肾上腺皮质**的**队列中鉴定了一个在CIMP高ACC中***被高甲基化并沉默的基因G0S2,并通过高通量BSP得到验证。G0S2基因CpG岛高甲基化**预测不良临床后果,是ACC快速复发或致死的标志。评估G0S2甲基化对临床决策是直接可行的,并有助于对侵袭性ACC进行有效辅助***。 6mA技术服务共同合作

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