上海RRBSDNA甲基化活动

作为比较高性价比的甲基化研究方法，RRBS在大规模临床样本的研究中具有***的应用。技术优势：从项目背景了解、协助方案设计、实验材料选取、建库测序，到数据分析，每个项目有特定的科学问题；需要专业、有价值的建议；科学、缜密的设计；及时高效的沟通；以保障高质量研究成果。分析包括：测序数据质量评估，与参考基因组比对，酶切效率分析，甲基化位点Calling，甲基化图谱分析，样本见间甲基化水平比较分析，多样本分析，多组学整合分析。人类基因组有约56M的CpG位点，CpG岛约3万个。上海RRBSDNA甲基化活动

上皮型钙黏附素（E-cadherin）是介导细胞间粘附的一种跨膜糖蛋白，其编码基因CDH-1属于**侵袭转移抑制基因。在**组织中，E-cadherin表达的下调或沉默可导致细胞间相互黏附力减弱，造成**细胞的分散，脱离原发灶处而转移。而E-cadherin下调的因素之一就是其启动子区域CpG岛的超甲基化。**细胞突破血管内皮及基底膜进入血循环是**细胞侵袭和转移的重要步骤。基底膜组成蛋白Nidogen的缺失将严重影响基底膜的完整性，有利于**细胞顺利通过进入血循环进而发生侵袭转移。有研究表明，Nidogen基因启动子在**细胞中表现出很高的甲基化水平，而在正常细胞中却极少或没有发生甲基化。另外，某些miRNA（如MiR-148a、miR-34b/c、miR-9）能够起到抑制**细胞生长和转移的作用，而在**细胞中，这些miRNA通常由于发生超甲基化而沉默。天津hMeDIP-SeqDNA甲基化方案5mc是表观遗传重要的一种修饰，存在于植物、动物等真核生物基因组中，被誉为“第五碱基”。

第三代测序技术的出现，更是让甲基化的直接测定成为可能。一年前，美国PacificBiosciences公司利用独有的单分子实时(SMRT)测序技术，直接测定了DNA的甲基化。这项成果发表在《NatureMethods》杂志上。甲基化特异性PCR（MS-PCR）：DNA在亚硫酸氢盐作用后，DNACpG若无甲基化，则序列中的C改变为U，若有甲基化则保持不变，因此从理论上讲，用不同的引物做PCR，即可检测出这种差异，从而确定基因有无CpG岛甲基化。因此根据目的基因修饰前后的改变，就可以相应设计M和U引物，有时我们需要设计两轮引物。这种方法灵敏度高，无需特殊仪器，因此经济实用，是目前应用**为***的检测方法。不过也存在一定的局限性，预先需要知道待测片段的DNA序列，引物的设计非常重要。另外，亚硫酸氢盐处理也十分关键，若处理不完全则可能导致假阳性的出现。

荧光定量法（Methylight）：这种技术是在MSP技术上发展起来的，在MSP扩增过程中利用荧光染料进行定量。TaqMan?探针法的应用使得该技术具有更高的精确性。其原理与SNP检测类似，针对亚硫酸氢盐处理之后的DN**段，在甲基化位点上会存在单碱基的差异，根据这种差异进行探针设计，随后进行实时定量PCR，就能够检测甲基化的差异。这种方法**的优势在于其高敏感性和较高通量，且无需在PCR后电泳、杂交等操作，减少了污染和操作误差。但是TaqMan?探针订购费用较高，适用于少数位点大量样本筛选。全基因组甲基化分析及特异位点甲基化检测。

甲基化是表观修饰的重要部分，DNA甲基化可以引起DNA构象、稳定性及DNA与蛋白质相互作用方式的改变，从而影响基因表达。DNA链中含有很多CpG结构，双链DNACpG中的胞嘧啶五位碳原子通常容易被甲基化，基因组中60~90%的CpG都被甲基化，未甲基化的CpG成簇出现在基因启动子**序列或者转录起始位点。DNA甲基化转移酶可以催化CpG的甲基化反应。DNA甲基化转移酶有两种，Dnmt1是一种持续性甲基化转移酶，作用于只有一条链甲基化的DNA双链，使其完全甲基化，参与DNA复制过程中新合成链的甲基化修饰；Dnmt3a/Dnmt3b是一种从头甲基化转移酶，可以在CpG上产生新的甲基化修饰，首先半甲基化，继而全甲基化，该甲基化转移酶可能参与细胞生长分化的调控，在**基因甲基化中起到重要作用。近年来CRISPR/Cas9技术得到快速发展，在基因切割活性失活的dCas9的5’端融合一个Dnmt3a，能够通过dCas9介导特定位点的甲基化修饰，调控相关基因的表达。甲基化验证方案是TBS。天津TBSDNA甲基化服务

基于高通量测序平台的甲基化图谱分析。上海RRBSDNA甲基化活动

DNA甲基化（DNA methylation）是指在DNA甲基化转移酶（DNMT）催化下，以S-腺苷甲硫氨酸为甲基供体，将活性甲基转移至DNA链中特定碱基上的化学修饰过程。哺乳动物基因组中，DNA甲基化多发生在CpG二核苷酸中的胞嘧啶的5位碳原子。DNA甲基化是一种表观（epigenetic）修饰，它在不改变DNA序列的情况下，对个体的生长、发育、基因表达模式以及基因组的稳定性起到重要的调控作用，并且这种修饰在发育和细胞增殖的过程中是可以稳定传递的。近年来的大量研究表明，DNA异常甲基化与**的发生、发展、细胞*变有着密切的联系。上海RRBSDNA甲基化活动