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    Agilent平台因为MeDIP技术本身的特点，都不能到达单碱基的分辨率，而Illumina的Infinium和GoldenGate检测技术却做得到。Illumina的Infinium甲基化检测技术来源与前期的SNP检测，采用的是单碱基延伸的原理。分析利用两个位点特异的探针检测这些序列差异的位点，一个探针是为甲基化位点(M磁珠类型)设计的，而另一个是为未甲基化位点(U磁珠类型)设计的。探针的单碱基延伸掺入了一个标记的ddNTP，它随后被荧光试剂染色。通过计算甲基化与未甲基化位点的荧光信号比例，可确定检测位点的甲基化水平。Illumina公司早期推出的InfiniumHumanMethylation27BeadChip芯片覆盖27,578个CpG位点。这款芯片在医学领域有***的应用，除了和**相关的甲基化筛选之外，也能用于其他疾病相关甲基化检测。因此对这款产品，研究者给予了很高的评价，目前此产品已停产，取而代之的是InfiniumHumanMethylation450BeadChip芯片。它以单碱基分辨率覆盖了基因组中超过45万个甲基化位点，实现了基因区域和CpG岛的***覆盖。此外，还包括CpG岛之外的CpG位点，在人类干细胞中鉴定出的非CpG甲基化位点，以及**和正常组织中差异表达的甲基化位点等等。它的高覆盖度、高通量以及低价格。 通过甲基化数据，筛选疾病耐药的差异甲基化。广东ATAC技术服务共同合作

发育基因的表观突变是养殖欧洲鲈鱼开始驯化的基础

Epimutations in developmental

genes underlie the onset of domestication in farmed European sea bass. Mol Biol Evol. 2019 May 30 (IF= 14.797)

本研究通过RRBS测序，比较了早期驯化的

(n=12)与野生的(n=12)

欧洲鲈鱼在驯化过程中DNA甲基化变化，发现早期驯化的鲈鱼与野生的没有遗传差异，但在不同胚胎起源的组织中发生DNA甲基化变化。这些甲基化突变与经过25年选择性育种后的胞嘧啶至胸腺嘧啶多态性***重叠，表观突变基因与正选择基因一致。结果表明驯化初始阶的表观变异是一个重要事件。 hMeDIP-Seq技术服务专业服务850K芯片为半金标准，价格低，分析简单，较为适合EWAS类型的课题。

DNA甲基化异常用于甲状腺结节诊断

Identification of

Tissue-Specific DNA Methylation Signatures for Thyroid Nodule Diagnostics. Clin

Cancer Res. 2019;15;25(2):544-551 (IF=

10.199)

恶性结节和良性结节常常难以诊断。本课题通过RRBS检测了109个甲状腺组织的DNA甲基化，发现*旁、良性结节和*组织之间存在***差异，并在65个甲状腺结节的回顾性队列样本中得到验证。这些组织特异性DMR与活性增强子和**相关基因密切相关，表明DNA甲基化为甲状腺结节提供准确的诊断。

    亚硫酸盐结合测序是DNA甲基化检测的“金标准”方案。除了全基因组甲基化测序等研究手段，对于目标基因/位点检测或者转化医学应用研究来说，需要灵活的靶向甲基化测序方案。BSP(BisulfiteSequencingPCR)结合高通量测序的TargetBisulfiteSequencing满足几个到上百个基因/位点的验证需求,具有高通量、低成本的优势,***用于临床大样本多位点的甲基化biomarker筛选及高水平文章甲基化验证环节。微生物定植对肠道免疫和代谢相关基因DNA甲基化的影响——团队成员发表.(IF=)我们以早产幼猪为模型，利用RRBS测序比较正常(n=7)和口服***(n=7)的肠道DNA甲基化差异，发现与先天免疫应答、吞噬和代谢等相关基因的DNA甲基化和表达存在***的差异，并通过高通量BSP测序对EGFL7、LBP8、PTPRE差异甲基化基因进行了验证。 高通量BSP测序结果多种展示形式。

    ATAC-seq（AssayforTransposase-AccessibleChromatinwithhighthroughputsequencing）是使用高通量测序对Tn5转座酶可接近的核染色质区域进行测序分析的一种研究技术；该技术由美国斯坦福大学的研究人员开发，2013年***发表在NatureMethods（Buenrostroetal.,2013）。通过转座酶对特定时空下开放的核染色质区域进行切割，获得在该时空下基因组中所有活跃转录的调控序列。应用领域，通常并不单独使用。作为检测表观遗传-染色质开放状态现象的方式，与样本基因表达谱紧密相连，从靶标基因的表观状态关联到表达水平，具有强大的数据挖掘作用。2.通过关联基因组、外显子，染色质免疫共沉淀（组蛋白修饰或转录因子结合）测序信息，形成：表观调控-基因组-基因表达的完整调控链。 在正常组织里, 70%到90%散在的CpG是被甲基修饰的。hMeDIP-Seq技术服务专业服务

芯片平台作为目前比较成熟的筛选工具。广东ATAC技术服务共同合作

Hepatic

stellate cell transdifferentiation involves genome-wide remodeling of the DNA

methylation landscape. J Hepatol. 2016;64(3):661-73. (IF= 14.911)

肝星状细胞(HSC)是导致肝纤维化发生和进展的关键细胞类型。DNA羟甲基化与转录***有关，其模式在人类疾病中经常发生改变。研究者采用简化基因组氧化-亚硫酸盐测序(RRBS/oxRRBS)检测静止和******状态的大鼠HSC细胞的5mC和5hmC水平，证实了5mC和5hmC在肝纤维化和HSC转分化过程中的整体变化，表明DNA甲基化/羟甲基化是HSC***的关键步骤，可能会为支持纤维生成的分子事件带来新的见解，并可能为疾病进展提供生物标志物以及潜在的新药物靶点。 广东ATAC技术服务共同合作