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MethylationEPICBEadChip兼具***的覆盖范围和高通量功能,因此是EWAS的理想之选。其他优势包括:***的全基因组覆盖范围(>850,000个甲基化位点)CpG岛非CpG和差异甲基化位点FANTOM5增强子ENCODE染色质ENCODE转录因子结合位点miRNA启动子区域实验分析方法重现性98%(针对技术性重复)98%(针对传统HumanMethylation450K芯片对照,MethylationEPIC芯片采用的相同样本)>90%(针对HumanMethylation450K位点内容)用户友好的简化工作流程与FFPE样本兼容MethylationEPICBeadChip遵循用户友好的简化的工作流程,可以从低样本起始量(低至250ng)同时处理多达96个样本该甲基化芯片针对常规样本和FFPE样本提供单CpG位点级别的定量测量,因此能实现超级精细的解析度,方便用户了解表观遗传的变化。 芯片平台作为目前比较成熟的筛选工具。辽宁hMeDIP-Seq技术服务售后服务
GOS2基因靶向甲基化测序确定了一种快速复发、常规致死的肾上腺皮质*亚型
Targeted Assessment of G0S2
Methylation Identifies a Rapidly Recurrent, Routinely Fatal Molecular Subtype
of Adrenocortical Carcinoma. Clin Cancer Res. 2019; 25(11):3276-3288.
(IF= 10.199)
研究者分析了ACC-TCGA数据,在114例肾上腺皮质**的**队列中鉴定了一个在CIMP高ACC中***被高甲基化并沉默的基因G0S2,并通过高通量BSP得到验证。G0S2基因CpG岛高甲基化**预测不良临床后果,是ACC快速复发或致死的标志。评估G0S2甲基化对临床决策是直接可行的,并有助于对侵袭性ACC进行有效辅助***。 辽宁TBS技术服务口碑推荐DNA甲基化对基因表达调控起着动态的重要作用。
甲基化特异性PCR(MS-PCR)
DNA在亚硫酸氢盐作用后,DNA CpG若无甲基化,则序列中的C改变为U,若有甲基化则保持不变,因此从理论上讲,用不同的引物做PCR,即可检测出这种差异,从而确定基因有无CpG岛甲基化。因此根据目的基因修饰前后的改变,就可以相应设计M和U引物,有时我们需要设计两轮引物。
这种方法灵敏度高,无需特殊仪器,因此经济实用,是目前应用**为***的检测方法。不过也存在一定的局限性,预先需要知道待测片段的DNA序列,引物的设计非常重要。另外,亚硫酸氢盐处理也十分关键,若处理不完全则可能导致假阳性的出现。
DNA羟甲基化(5hmC)是被认为是哺乳动物基因组上的第六碱基。Bisulfite-Seq并不能区分甲基化(5mC)和羟甲基化(5hmC),实际上是5mC和5hmC两种修饰的混合信号,而通过氧化亚硫酸盐测序(oxidativebisulfitesequencing,oxBS-Seq),先将5hmC氧化为甲酰基修饰(5fC),进而被亚硫酸盐转换为碱基U,实现DNA甲基化的精细检测。而同时对样本进行BS-Seq和oxBS-Seq测序则可实现对5hmC全基因组,单碱基分辨率的检测,是羟甲基化检测的金标准方案。(12):1730-1741.(IF=)作者利用全基因组氧化-亚硫酸盐测序(WGBS/oxWGBS)得到了肝脏和肺以及配对**组织的全基因组DNA甲基化和羟甲基化图谱。在活跃的基因中,5hmC在CpGIslandshore中呈***富集状态,而在CpGIsland中则呈稀缺状态。对启动子、基因体和转录终止区域的羟甲基化分析,羟甲基化与基因表达有很强的正相关,这表明5hmC是活跃基因的标记,并且可以在由DNA去甲基化调节的基因表达中发挥作用。 WGBS和RRBS都是金标准技术, CNS发表文章都很多,广发被接受。
重亚硫酸盐处理结合测序是目前检测甲基化的金标准。除了全基因组甲基化测序技术等研究手段,对于大样本量甲基化研究来说,更需要灵活、有针对性的技术方案。NGS-BSP方法适合几个到几十个基因或者位点进行大样本甲基化测序或者验证项目,具有更快速的实验周期及低成本优势。技术优势高效灵活的目标区域甲基化检测的工具BSP和高通量测序完美结合,单碱基分辨率适合几个到几十个位点的大样本验证项目适合所有动物样本、周期快、检测位点灵活、性价比高科学方案设计从项目背景了解、协助方案设计、实验材料选取、建库测序,到数据分析每个项目有特定的科学问题;需要专业、有价值的建议;科学、缜密的设计及时高效的沟通;以保障高质量研究成果样本要求:基因组DNA:>=1ug(20个区域/位点);样品浓度>30ng/ul;无RNA和蛋白污染建库测序:测序策略:IlluminaHiSeq,PE150;测序深度:>。 芯片数据如何与二代、三代数据整合。四川WGBS技术服务专业服务
通过甲基化数据,筛选疾病耐药的差异甲基化。辽宁hMeDIP-Seq技术服务售后服务
6mAIP-Seq送样要求一、送样类型基因组DNA、动植物组织(包含藻类等)二、保存方式基因组DNA、动植物组织(包含藻类):放-20℃冰箱中保存,或者放-80℃冰箱中长期保存(1年以内);保存期间避免反复冻融。三、运输条件1、基因组DNA:冰袋或者干冰运输;2、植物组织(包含藻类):干冰运输,顺丰陆运(3-4天时间),夏季10-15公斤干冰;秋冬季10公斤干冰;四、样本量要求1、基因组DNA:不少于6ug1)提供样本DNA完整性质检结果,例如琼脂糖凝胶电泳或者Agilent2100电泳等;2)提取基因组DNA,要加RNA酶,去除RNA污染;3)提取基因组DNA,溶到TE或者elutionbuffer,避免溶解到纯水;样本体积不超过100ul;4)提供Qubit检测浓度,基于OD值的检测方法,例如NanoDrop,会严重高估浓度。2、植物组织(包含藻类):1g以上;植物组织,不同组织,送样量不同植物组织:从植物体上,取下新鲜组织,用清水将材料表面的灰尘或泥土冲洗干净,吸干;取不少于1g叶片等组织,对于果实等含糖很高的组织,送样前需要咨询技术人员。3、动物组织:30mg以上用预冷的1×PBS溶液洗掉组织表面残留的血液;取不少于30mg(1/2绿豆大小)组织块,放置-20℃冰箱中保存,或者放-80℃冰箱中长期保存(1年以内)。 辽宁hMeDIP-Seq技术服务售后服务