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时间:2021年08月28日 来源:

    MethylationEPICBEadChip兼具***的覆盖范围和高通量功能,因此是EWAS的理想之选。其他优势包括:***的全基因组覆盖范围(>850,000个甲基化位点)CpG岛非CpG和差异甲基化位点FANTOM5增强子ENCODE染色质ENCODE转录因子结合位点miRNA启动子区域实验分析方法重现性98%(针对技术性重复)98%(针对传统HumanMethylation450K芯片对照,MethylationEPIC芯片采用的相同样本)>90%(针对HumanMethylation450K位点内容)用户友好的简化工作流程与FFPE样本兼容MethylationEPICBeadChip遵循用户友好的简化的工作流程,可以从低样本起始量(低至250ng)同时处理多达96个样本该甲基化芯片针对常规样本和FFPE样本提供单CpG位点级别的定量测量,因此能实现超级精细的解析度,方便用户了解表观遗传的变化。 6mA在细菌、藻类及动植物基因组中存在。WGBS技术服务

    6mAIP-Seq送样要求一、送样类型基因组DNA、动植物组织(包含藻类等)二、保存方式基因组DNA、动植物组织(包含藻类):放-20℃冰箱中保存,或者放-80℃冰箱中长期保存(1年以内);保存期间避免反复冻融。三、运输条件1、基因组DNA:冰袋或者干冰运输;2、植物组织(包含藻类):干冰运输,顺丰陆运(3-4天时间),夏季10-15公斤干冰;秋冬季10公斤干冰;四、样本量要求1、基因组DNA:不少于6ug1)提供样本DNA完整性质检结果,例如琼脂糖凝胶电泳或者Agilent2100电泳等;2)提取基因组DNA,要加RNA酶,去除RNA污染;3)提取基因组DNA,溶到TE或者elutionbuffer,避免溶解到纯水;样本体积不超过100ul;4)提供Qubit检测浓度,基于OD值的检测方法,例如NanoDrop,会严重高估浓度。2、植物组织(包含藻类):1g以上;植物组织,不同组织,送样量不同植物组织:从植物体上,取下新鲜组织,用清水将材料表面的灰尘或泥土冲洗干净,吸干;取不少于1g叶片等组织,对于果实等含糖很高的组织,送样前需要咨询技术人员。3、动物组织:30mg以上用预冷的1×PBS溶液洗掉组织表面残留的血液;取不少于30mg(1/2绿豆大小)组织块,放置-20℃冰箱中保存,或者放-80℃冰箱中长期保存(1年以内)。 广东cfDNA甲基化技术服务欢迎咨询WGBS技术及应用是有力方案。

    cfDNABS-Seq送样要求一、送样类型分离好的血浆二、保存方式分离后的血浆,用ml离心管分装,例如:1ml/管;放-20℃冰箱中保存(短暂保存,1-2周);放-80℃冰箱中长期保存(1年以内);保存期间不能冻融。三、运输条件干冰运输:顺丰陆运(3-4天时间),夏季10-15公斤干冰;秋冬季10公斤干冰。四、抽血要求1、使用Streck采血管(不建议使用普通的EDTA-钠抗凝管),采集10ml外周静脉血(客户没有Streck采血管,公司配送);2、室温或者放置4℃冰箱中半小时以上,不超过8小时,进行血浆分离步骤。五、血浆分离步骤1、4℃条件下以1600g离心10min,离心后将上清(血浆)分装到2、4℃条件下以16000g离心10min去除残余细胞,将上清移入新的离心管中,每管分装1ml;3、血浆样本存放于-80℃冰箱中保存;使用干冰运输,提取之前不能冻融。备注1:血浆分离在4℃条件进行,如果客户没有冷冻离心机,也可以在室温条件下进行;备注2:离心后取血浆上清,避免吸取白细胞;通常10ml全血可以获得4-5ml血浆。

    Agilent甲基化芯片通过SurePrint芯片合成**技术,结合优化的探针设计及实验方法,可灵活进行甲基化研究,得到高灵敏度、高特异性、高重复性的结果。技术流程:1.将基因组DNA超声打断成400-500bpDN**段;2.加热变性并将变性后的单链DNA样品分成两份;3.其中一份单链DNA样品加入抗5'-甲基化胞嘧啶核苷抗体。使用免疫磁珠法分离样品中甲基化DN**段的抗体复合物,样品中其余的非甲基化DN**段被洗脱;4.纯化免疫共沉淀的DN**段;对MeDIP(Cy5)与Input(Cy3)样品分别进行标记;5.标记后的MeDIP与Input样品混合、变性,与芯片杂交;6.检测杂交信号并进行数据分析。芯片种类:Agilent**甲基化芯片,8x60K●和合作伙伴在Agilent公司定制的Promoter芯片。●绝大多数基因是针对基因启动子区域的CpG岛设计探针。●芯片上一共有4160个功能注释比较明确的基因,其中2128个和**发生有关系。●从功能上分,有256基因和细胞凋亡有关,1273个基因和信号传导有关,487个基因和压力和衰老有关。●特别适用于**甲基化研究。 焦磷酸测序技术是甲基化检测新的金标准。

DNA甲基化作为表观遗传学研究的重要范畴,已经越来越受到研究者的关注。近些年来,随着DNA甲基化与组蛋白甲基化的联合作用机制、RNA干扰机制及去甲基化机制的发现,使得DNA甲基化研究受到***关注,从医学领域扩展到动植物研究当中,同时在研究方法上也取得了很大的突破。现在用于DNA甲基化检测的方法大概有十多种,从应用上来分,大致可以分成两类:全基因组甲基化分析及特异位点甲基化检测。下面,我们就这两大类检测技术进行分析比较,以便于在实际的科研工作中进行选择。RRBS用于人、哺乳动物及鱼类方向的高水平甲基化研究。广东MeDIP-Seq技术服务欢迎咨询

中小样本筛选, 大样本中进一步验证。WGBS技术服务

    Agilent平台因为MeDIP技术本身的特点,都不能到达单碱基的分辨率,而Illumina的Infinium和GoldenGate检测技术却做得到。Illumina的Infinium甲基化检测技术来源与前期的SNP检测,采用的是单碱基延伸的原理。分析利用两个位点特异的探针检测这些序列差异的位点,一个探针是为甲基化位点(M磁珠类型)设计的,而另一个是为未甲基化位点(U磁珠类型)设计的。探针的单碱基延伸掺入了一个标记的ddNTP,它随后被荧光试剂染色。通过计算甲基化与未甲基化位点的荧光信号比例,可确定检测位点的甲基化水平。Illumina公司早期推出的InfiniumHumanMethylation27BeadChip芯片覆盖27,578个CpG位点。这款芯片在医学领域有***的应用,除了和**相关的甲基化筛选之外,也能用于其他疾病相关甲基化检测。因此对这款产品,研究者给予了很高的评价,目前此产品已停产,取而代之的是InfiniumHumanMethylation450BeadChip芯片。它以单碱基分辨率覆盖了基因组中超过45万个甲基化位点,实现了基因区域和CpG岛的***覆盖。此外,还包括CpG岛之外的CpG位点,在人类干细胞中鉴定出的非CpG甲基化位点,以及**和正常组织中差异表达的甲基化位点等等。它的高覆盖度、高通量以及低价格。 WGBS技术服务

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