江苏WGBSDNA甲基化服务
DNA修复基因高甲基化:DNA错配修复系统(mismatchrepairsystem,MMR)是在人类细胞中存在的一种修复DNA碱基错配的自身保障体系,由一系列特异修复DNA错配的酶组成,它不同于其它抑制基因对细胞的无序增长具有直接的作用,而是通过修复DNA复制过程中产生的错误,维持基因组的稳定性,避免突变,间接抑制**的发生。目前已发现人类的MMR系统含有9个错配修复基因,其中以hMLH1和hMSH2功能**为重要。MMR基因保证了DNA复制的高度保真,一旦MMR基因发生突变或启动子甲基化引起错配修复基因失活,导致机体错配修复功能的降低,进而导致整个基因组的不稳定,从而使某些*基因和抑*基因的突变在体内得到快速聚集,**由此发生,表现为**细胞的DNA多为二倍体或近二倍体的含量。MMR基因启动子高甲基化在结直肠*、胃*、脑胶质瘤等**细胞中均有报道。高通量BSP测序结果多种展示形式。江苏WGBSDNA甲基化服务
焦磷酸测序(Pyrosequencing)技术服务基于QIAGEN公司的PyroMarkQ96ID平台,能提供基于序列测定的SNP检测、等位基因频率分析和甲基化检测,杂合子缺失及细菌和病毒分型等技术服务。优势:得到定量序列结果的技术,极高的准确性,重现性**,实验设计灵活。应用:可以用于任何遗传多态性的分析甲基化研究的平台通量、低成本的快速临床微生物诊断。报告模板:1材料1.1试剂与试剂盒1.2仪器2方法2.1DNA抽提2.1甲基化修饰2.2纯化亚硫酸盐修饰的DNA2.3甲基化PCR2.4Pyrosequencing检测。四川850K芯片DNA甲基化活动全基因组甲基化分析及特异位点甲基化检测。
甲基化敏感性高分辨率熔解曲线分析(MS-HRM):通过熔解曲线分析可以将单碱基序列的差异转变成熔解曲线的差异,因此DNA样本经过亚硫酸氢盐处理后,甲基化与未甲基化DNA会存在序列差异,这种差异可通过熔解曲线分析来发现。使用该方法进行甲基化分析*需一对引物,相对简单,不过这种方法对仪器的要求颇高,需要带HRM模块的荧光定量PCR仪,并且在进行实时定量PCR过程中,需要使用饱和的荧光染料。利用MS-HRM技术进行甲基化检测只能对检测片段整体甲基化情况进行分析,并不能明确每个CpG位点的甲基化状态。因此这种技术适用于大量样本的检测,筛选出感兴趣的CPG位点,然后利用其他方法进行单个位点的精确检测及甲基化程度的精确定量。
miRNA的超甲基化:**细胞另一个重要的特点是miRNA表达水平的整体下降,通常也是由于miRNA启动子区域高甲基化造成的。这种miRNA表达失活不仅与**的发***展有关,而且与**的转移密切相关。如**细胞中miR-148a、miR-34b/c、miR-9这三种miRNA都发生了明显得超甲基化,同时外源表达这三种miRNA均可抑制**细胞的生长和转移。**发生是一个涉及多基因、多步骤的复杂过程,越来越多的研究表明DNA甲基化在**的发生、发展、转移中起到了重要的作用,特征性甲基化位点对于**的诊断、分型、预后及***具有重要意义。云生物提供测序服务。
羟甲基化DNA免疫沉淀测序(HydroxymethylatedDNAImmunoprecipitationSequencing,hMeDIP-Seq)是通过5hmC特异性抗体富集羟甲基化的DN**段,然后结合高通量测序技术在全基因组水平上以较小的数据量,快速、高效地寻找羟甲基化区域。可广泛应用于羟甲基化与疾病关系研究以及羟甲基化在胚胎发育过程中的研究。样本要求:基因组DNA:>=3ug;样品浓度>50ng/ul;无RNA和蛋白污染建库测序:测序策略:IlluminaHiSeq,PE150;测序深度:20-30Mreads。信息分析:基于全基因组范围的羟甲基化分析,数据质控,Peak锋Calling,Peak锋在基因组、染色体、功能元件上的分布,多样本羟甲基化差异聚类,差异羟甲基化DMR鉴定及相关基因的功能分析,结合项目背景和科学问题的数据亮点挖掘。人类基因组有约56M的CpG位点,CpG岛约3万个。辽宁焦磷酸测序DNA甲基化共同合作
DNA甲基化是生物界神奇的“帽子”。江苏WGBSDNA甲基化服务
焦磷酸测序(Pyrosequencing):随着技术的不断改进,现在认为焦磷酸测序技术(Pyrosequencing)是甲基化检测新的金标准。焦磷酸测序作为一种新的序列分析技术,能够快速地检测甲基化的频率,对样品中的甲基化位点进行定性及定量检测,为甲基化研究提供了新的途径。在序列延伸过程中,根据C和T的掺入量来定量确定单个位点的C-T比例。因此,不同位点的甲基化变异就能被准确检测,并给出精确的甲基化程度的数据。QIAGEN公司在焦磷酸测序的应用上具有明显的优势,目前提供三种焦磷酸测序仪器,通量由低到高,适合不同的应用。PyroMark Q24 的强项在于可对多达24个样品进行焦磷酸测序。需要大样品量的应用更适合在PyroMark Q96 ID 上进行。在考虑到处理成百上千个样品所需的大量试剂时,运行通量**化可能会使实验成本变得很高。而PyroMark Q96 MD装有一台高度灵敏的光检测摄像头,可以在减少试剂量的情况下对少量的DNA模板进行准确测序。这些不同平台的推出,对于我们实际研究提供了更有效的检测手段。江苏WGBSDNA甲基化服务