陕西850K芯片DNA甲基化售后分析

芯片种类：Agilent**甲基化芯片，8x60K●和合作伙伴在Agilent公司定制的Promoter芯片。●绝大多数基因是针对基因启动子区域的CpG岛设计探针。●芯片上一共有4160个功能注释比较明确的基因，其中2128个和**发生有关系。●从功能上分，有256基因和细胞凋亡有关，1273个基因和信号传导有关，487个基因和压力和衰老有关。●特别适用于**甲基化研究。案例分析：用Agilent定制甲基化芯片和表达谱芯片共同筛选乳腺*患者的高甲基化基因，并探讨甲基化与基因表达的关系为了寻找乳腺*早期诊断的甲基化标记基因，探讨基因甲基化水平与基因表达量之间的关系，科研者使用甲基化芯片和表达谱芯片进行了相关研究。研究中，甲基化程度检测使用BSP法和COBRA分析，基因表达水平检测用RT-PCR。结果，在乳腺*患者中检测到70对高度甲基化差异***的基因，表达谱芯片分析结果显示在乳腺*患者中这70个基因大部分不表达；RT-PCR结果也显示大部分基因表达量很低甚至不表达。这种研究策略，能够直观方便的筛查患者甲基化基因，有效地寻找乳腺*标记基因，对研究甲基化基因调控基因表达提供研究基础。细胞、全血、组织样本干冰运输。陕西850K芯片DNA甲基化售后分析

上皮型钙黏附素（E-cadherin）是介导细胞间粘附的一种跨膜糖蛋白，其编码基因CDH-1属于**侵袭转移抑制基因。在**组织中，E-cadherin表达的下调或沉默可导致细胞间相互黏附力减弱，造成**细胞的分散，脱离原发灶处而转移。而E-cadherin下调的因素之一就是其启动子区域CpG岛的超甲基化。**细胞突破血管内皮及基底膜进入血循环是**细胞侵袭和转移的重要步骤。基底膜组成蛋白Nidogen的缺失将严重影响基底膜的完整性，有利于**细胞顺利通过进入血循环进而发生侵袭转移。有研究表明，Nidogen基因启动子在**细胞中表现出很高的甲基化水平，而在正常细胞中却极少或没有发生甲基化。另外，某些miRNA（如MiR-148a、miR-34b/c、miR-9）能够起到抑制**细胞生长和转移的作用，而在**细胞中，这些miRNA通常由于发生超甲基化而沉默。辽宁焦磷酸测序DNA甲基化口碑推荐6mA在细菌、藻类及动植物基因组中存在。

甲基化DNA免疫沉淀测序（MethylatedDNAImmunoprecipitationSequencing，MeDIP-Seq）是通过5mC特异性抗体富集甲基化的DN**段，然后结合高通量测序技术在全基因组水平上以较小的数据量，快速、高效地寻找甲基化区域。可广泛应用于甲基化与疾病关系研究。样本要求：基因组DNA:>=3ug；样品浓度>50ng/ul；无RNA和蛋白污染，建库测序：测序策略：IlluminaHiSeq,PE150;测序深度：20-30Mreads。信息分析：基于全基因组范围的羟甲基化分析，数据质控，Peak锋Calling，Peak锋在基因组、染色体、功能元件上的分布，多样本羟甲基化差异聚类，差异羟甲基化DMR鉴定及相关基因的功能分析，结合项目背景和科学问题的数据亮点挖掘。

虽然焦磷酸测序可以进行单个位点甲基化程度的精确定量，但是目前来看，测序的片段长度还比较短，只有一百多bp，其中有效长度约为60bp。以上是对几种常用的特异位点甲基化检测方法进行了介绍及比较，还有一些检测技术是在常用的检测手段上进行优化或者将不同的方法进行结合应用，比如以MSP方法为基础，发展了SMART-MSP技术，该技术利用定量技术对MSP扩增过程进行检测，同时后续结合HRM技术来分析甲基化差异。此外，利用质谱平台进行甲基化检测的有MALDI-TOF技术，可以对甲基化进行精确检测并能进行高通量筛选。从对这些技术的比较分析来看，没中检测技术都有各自的优点，并也存在一定的局限性，研究者可以根据自己的实际研究情况进行选择。在特异甲基化位点检测上，能够提供BSP、HRM及焦磷酸测序三种技术的完整的检测服务，具有丰富的经验，帮助客户加速甲基化研究进程。高通量BSP测序结果多种展示形式。

高通量BSP——目标位点/基因甲基化验证方案。科学方案：设计从项目背景了解、协助方案设计、实验材料选取、建库测序，到数据分析每个项目有特定的科学问题；需要专业、有价值的建议；科学、缜密的设计及时高效的沟通；以保障高质量研究成果。样本要求：基因组DNA:>=1ug(20个区域/位点)；样品浓度>30ng/ul；无RNA和蛋白污染建库测序：测序策略：IlluminaHiSeq,PE150；测序深度：>100X。信息分析：基于靶向序列的甲基化分析，数据质控，5mCCalling，5mC在组间样本的可视化，多样本甲基化聚类与临床样本特征关联分析等。N6-甲基脱氧腺苷是原核生物和真核生物的DNA修饰类型之一。安徽RRBSDNA甲基化共同合作

基于高通量测序平台的甲基化图谱分析。陕西850K芯片DNA甲基化售后分析

Sequenom MassArray甲基化检测：将待测DNA经过亚硫酸盐处理，通过PCR扩增过程引入T7启动子序列，经T7 DNA聚合酶的体外转录过程得到各样本RNA产物，经碱基特异性酶切处理，得到RNA小片段，并用飞行质谱检测每个片段的分子量，***EpiTYPER程序完成数据的自动化处理并报告每个检测片段的甲基化程度。技术优势：·检测片段长：扩增片段长度可达500bp·高灵敏度：可发现低至5%甲基化水平，样本起始量低至10ng。·重复性好：变异系数CV≤5%。·高性价比：用384孔板进行PCR反应，一个扩增产物可以进行多重CpG位点分析，无需后续验证，可直接用于文章发表。陕西850K芯片DNA甲基化售后分析