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    内共生起源学说认为，线粒体和叶绿体分别起源于原始真核细胞内共生的能进行有氧呼吸的细菌和进行光能自养的蓝细菌。该学说认为真核细胞的祖先是一种体积巨大、不需氧的、具有吞噬能力的细胞.通过糖酵解获取能量。而线粒体的祖先是是一种革兰氏阴性菌，可以利用体内三竣酸循环的酶系和电子传递链在有氧条件下将糖酵解产生的**酸进一步分解，释放更高的能量。这种细菌被原始真核细胞吞噬以后，有可能在长期互利共生中演化形成了现在的线粒体。与此类似，叶绿体的祖先推测是原核生物的蓝细菌，即蓝藻。它被原始真核细胞摄入后，在共生关系中，逐渐演化为叶绿体。由于长期的互利共生，需氧细菌和蓝细菌逐渐失去了原有的一些特征，关闭、丢失或向宿主细胞核中转移了一些基因，形成了线粒体和叶绿体的半自主性。 小基因组测序实验怎么分析？重庆小基因组完成图小基因组测序售后服务

    基因功能注释：基因预测得到样品的氨基酸序列后，与已知的蛋白数据库进行比对，把样品的基因和其相对应的功能注释信息结合起来，得到注释结果。由于每一条序列比对结果可能超过一条，为保证其生物意义，注释时保留一条比较好比对结果作为该基因的注释。样品氨基酸序列与NR、Swiss-Prot、eggNOG、KEGG、GO数据库进行比对得到编码基因的功能注释信息。NR全称为Non-RedundantProteinDatabase，是一个非冗余的蛋白质数据库，由NCBI创建并维护，其特点在于内容比较***，同时注释结果中会包含有物种信息，可作物种分类用。但数据库中很多数据未经过验证，可靠性有待提高。数据库特点是数据很全，但是并不是全部的功能描述都特别准。 浙江植物叶绿体基因组小基因组测序服务云生物提供小基因组测序提供编码基因分析。

【参考文献】

Chloroplast genome analyses and genomic resource development for epilithic sister genera Oresitrophe and Mukdenia (Saxifragaceae), using genome skimming data. BMC Genomics, 2018.

    首先，我们来看看无论在植物中还是动物中，无论是叶绿体研究还是线粒体研究中都可以开展的一些研究内容：First，比较基因组研究的内容，也是**常见的研究内容：对已知的基因组进行比较分析，用于了解基因的功能，表达机理及物种进化，通过基因和基因组结构的比较，可以阐释物种进化关系及基因组的内在结构。如18年发表在《InternationalJournalofMolecularSciences》上的四种菊科植物的叶绿体基因组研究中，就利用比较基因组的方法，直观展现了蒲公英科植物叶绿体基因组的序列多样性，也解释了4种植物叶绿体基因组大小差异的来源。而在18年发表在《BMCGenomics》杂志的虎耳草科植物叶绿体基因组研究中[2]，则通过比较基因组系统说明5种虎耳草植物的叶绿体基因组保守性。不**于此，通过IR区的扩张与收缩研究，可以获悉导致相关基因拷贝数的变化，或者导致边界区域假基因的产生，以此来描述造成不同谱系间叶绿体基因组大小差异的原因。同时，比较参考基因组，也可以比较获得样本基因组中的SNP，InDel，SV等信息，当然这些信息除了便于我们统计各类标记的分布，也可以比较研究样本基因组与参考基因组的结构差异。 云生物专业致力于小基因组测序服务。

    Swiss-Prot是一个精选的蛋白质序列数据库，它努力提供一个高水平的注释（例如一个蛋白质功能、其域结构、翻译后修饰、变异等的描述），一个比较低水平的冗余及与其他数据库的高水平的整合。数据库的***进展包括：在模式生物的数目和范围上的一个增长；两个附加的数据库的交叉引用；多种新的文档文件和TrEMBL的创建，对Swiss-Prot的一个计算机注释的补充。这个补充以类Swiss-Prot的格式，由来源于EMBL核酸序列数据库中的所有编码序列（codingsequences，CDS）翻译的条目组成，而把已经包含在Swiss-Prot中的CDS除外。详见。其中eggNOG、GO、KEGG数据库都把功能按不同等级进行分类，通过功能注释，可根据数据库的分类信息对样品的基因功能进行归类。 小基因组测序服务推荐云生物。北京地理谱系遗传小基因组测序哪家好

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虎耳草科植物叶绿体基因组比较：五种虎耳草叶绿体基因组相对保守，基因组没有重排；与其他叶绿体基因组相比，叶绿体基因组较小；rps16内含子从Penthorum chinense参考基因组中丢失，M. rossii和O. rupifraga中rpl2内含子丢失。 此外，IR区域在这些物种中比LSC和SSC区域更保守。LSC / IRB，IRB / SSC，SSC / IRA和IRA / LSC的边界区域**高度可变的区域，在密切相关的物种cpDNA中有许多核苷酸变化。因此，我们比较了五种虎耳草叶绿体基因组和参考基因组之间的IR边界位置及其相邻基因。结果表明，IR区域在这些物种中比LSC和SSC区域更保守。推测，具有更接近系统发育关系的物种将具有更多相似的边界特征。重庆小基因组完成图小基因组测序售后服务