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industryTemplateCpG岛常位于基因转录调控区附近。广东WGBS技术服务售后服务
相比之下,VeraCode GoldenGate甲基化分析技术更适合中通量的筛选及验证研究,它以以矩阵微珠芯片(Sentrix Array Matrix(SAM))形式分析48至384个用户指定的CpG位点。首先,将亚硫酸氢盐处理的基因组DNA 与分析oligo混合,oligo与未甲基化位点的U互补,或者与甲基化位点的C互补。杂交之后,引物延伸,并连接上位点特异的oligo来产生通用 PCR的模板。***,用标记的PCR引物生成可检测的产物。据Illumina的产品**介绍,其产品的**优势在于单个CpG位点的分辨率。其它分析将甲基化定位在一段区域,而通过Illumina分析,你能精确测定某个CpG位点的甲基化水平。陕西6mA技术服务在哺乳动物中CpG以两种形式存在。
甲基化是表观修饰的重要部分,DNA甲基化可以引起DNA构象、稳定性及DNA与蛋白质相互作用方式的改变,从而影响基因表达。DNA链中含有很多CpG结构,双链DNACpG中的胞嘧啶五位碳原子通常容易被甲基化,基因组中60~90%的CpG都被甲基化,未甲基化的CpG成簇出现在基因启动子**序列或者转录起始位点。DNA甲基化转移酶可以催化CpG的甲基化反应。DNA甲基化转移酶有两种,Dnmt1是一种持续性甲基化转移酶,作用于只有一条链甲基化的DNA双链,使其完全甲基化,参与DNA复制过程中新合成链的甲基化修饰;Dnmt3a/Dnmt3b是一种从头甲基化转移酶,可以在CpG上产生新的甲基化修饰,首先半甲基化,继而全甲基化,该甲基化转移酶可能参与细胞生长分化的调控,在**基因甲基化中起到重要作用。近年来CRISPR/Cas9技术得到快速发展,在基因切割活性失活的dCas9的5’端融合一个Dnmt3a,能够通过dCas9介导特定位点的甲基化修饰,调控相关基因的表达。
甲基化DNA免疫沉淀测序(MethylatedDNAImmunoprecipitationSequencing,MeDIP-Seq)是通过5mC特异性抗体富集甲基化的DN**段,然后结合高通量测序技术在全基因组水平上以较小的数据量,快速、高效地寻找甲基化区域。可广泛应用于甲基化与疾病关系研究。技术优势全基因组范围鉴定甲基化修饰区域针对性检测基因组内具有甲基化修饰的区域与WGBS技术相比,成本更低科学方案设计从项目背景了解、协助方案设计、实验材料选取、建库测序,到数据分析每个项目有特定的科学问题;需要专业、有价值的建议;科学、缜密的设计及时高效的沟通;以保障高质量研究成果样本要求:基因组DNA:>=3ug;样品浓度>50ng/ul;无RNA和蛋白污染建库测序:测序策略:IlluminaHiSeq,PE150。 焦磷酸测序能提供基于序列测定的SNP检测、等位基因频率分析和甲基化检测。
Hepatic
stellate cell transdifferentiation involves genome-wide remodeling of the DNA
methylation landscape. J Hepatol. 2016;64(3):661-73. (IF= 14.911)
肝星状细胞(HSC)是导致肝纤维化发生和进展的关键细胞类型。DNA羟甲基化与转录***有关,其模式在人类疾病中经常发生改变。研究者采用简化基因组氧化-亚硫酸盐测序(RRBS/oxRRBS)检测静止和******状态的大鼠HSC细胞的5mC和5hmC水平,证实了5mC和5hmC在肝纤维化和HSC转分化过程中的整体变化,表明DNA甲基化/羟甲基化是HSC***的关键步骤,可能会为支持纤维生成的分子事件带来新的见解,并可能为疾病进展提供生物标志物以及潜在的新药物靶点。 在正常组织里, 70%到90%散在的CpG是被甲基修饰的。浙江Chip-seq技术服务口碑推荐
WGBS技术及应用是有力方案。广东WGBS技术服务售后服务
简化基因组甲基化测序(ReducedRepresentationBisulfiteSequencing,RRBS)是通过限制性酶切的方法富集基因组DNA上富含CCGG位点的片段,经Bisulfite处理和高通量测序技术进行基因组CpG富集区域内的单碱基分辨率的甲基化测序。相对WGBS而言RRBS技术作为高性价比的甲基化测序方案,测序量大幅减少,在大规模临床样本研究中具有很不错的应用价值。技术优势从项目背景了解、协助方案设计、实验材料选取、建库测序,到数据分析,每个项目有特定的科学问题;需要专业、有价值的建议;科学、缜密的设计;及时高效的沟通;以保障高质量研究成果。信息分析基于简化基因组范围的甲基化分析,数据质控,5mCCalling,5mC在基因组、染色体、功能元件上的分布,多样本甲基化差异聚类,差异甲基化DMR鉴定及相关基因的功能分析,结合项目背景和科学问题的数据亮点挖掘。 广东WGBS技术服务售后服务