重庆RIP-seq技术服务

    Agilent平台因为MeDIP技术本身的特点，都不能到达单碱基的分辨率，而Illumina的Infinium和GoldenGate检测技术却做得到。Illumina的Infinium甲基化检测技术来源与前期的SNP检测，采用的是单碱基延伸的原理。分析利用两个位点特异的探针检测这些序列差异的位点，一个探针是为甲基化位点(M磁珠类型)设计的，而另一个是为未甲基化位点(U磁珠类型)设计的。探针的单碱基延伸掺入了一个标记的ddNTP，它随后被荧光试剂染色。通过计算甲基化与未甲基化位点的荧光信号比例，可确定检测位点的甲基化水平。Illumina公司早期推出的InfiniumHumanMethylation27BeadChip芯片覆盖27,578个CpG位点。这款芯片在医学领域有***的应用，除了和**相关的甲基化筛选之外，也能用于其他疾病相关甲基化检测。因此对这款产品，研究者给予了很高的评价，目前此产品已停产，取而代之的是InfiniumHumanMethylation450BeadChip芯片。它以单碱基分辨率覆盖了基因组中超过45万个甲基化位点，实现了基因区域和CpG岛的***覆盖。此外，还包括CpG岛之外的CpG位点，在人类干细胞中鉴定出的非CpG甲基化位点，以及**和正常组织中差异表达的甲基化位点等等。它的高覆盖度、高通量以及低价格。 全基因组甲基化测序是将重亚硫酸盐Bisulfite处理和高通量测序技术相结合。重庆RIP-seq技术服务

    **预防和***的一个手段是通过去甲基化恢复某些关键的抑*基因或DNA修复基因的活性，目前研究**多的是DNMTs***剂，它通过***DNMT活性以逆转异常的DNA甲基化。**个表型修饰药物为5-azacytidine及其类似物5-aza-2'-deoxycytidine（5-aza-CdR），这类药物已经美国FDA批准用于白血病前骨髓增生异常综合征的***。5-aza-CdR是胞嘧啶的类似物，在DNA复制过程中可以掺入到DNA链中，一方面它可以降低DNA接收甲基的能力，另一方面它***DNMT活性，导致DNA甲基化水平的降低。体外和体内试验均表明，5-aza-CdR具有降低超甲基化的抑*基因甲基化水平从而*****的能力，临床表明应用5-aza-CdR可提高部分IV期小细胞肺*患者生存率，但该药也存在着不可忽视的毒副作用（如特异性不强，不能针对某一特定抑*基因进行靶向***；高剂量的5-aza-CdR可能诱发**的转移），因此其在临床上的应用受到了很大限制。也有研究表明，低剂量的As2O3可起到***肝*的目的。 广东ATAC技术服务基因组DNA冰袋或者干冰运输。

    WGBS送样要求一、送样类型基因组DNA、细胞、全血、动植物组织、FFPE二、保存方式1、基因组DNA、细胞、全血、动植物组织：放-20℃冰箱中保存，或者放-80℃冰箱中长期保存(1年以内)；保存期间避免反复冻融。2、FFPE样本：室温保存三、运输条件1、基因组DNA：冰袋或者干冰运输；2、细胞、全血、组织样本：干冰运输，顺丰陆运（3-4天时间），夏季10-15公斤干冰；秋冬季10公斤干冰；3、FFPE样本：室温运输。四、样本量要求1、基因组DNA：常规WGBS，不少于2ug；微量WGBS，20ng1）提供样本DNA完整性质检结果，例如琼脂糖凝胶电泳或者Agilent2100电泳等；2）提取基因组DNA，要加RNA酶，去除RNA污染；3）提取基因组DNA，溶到TE或者elutionbuffer,避免溶解到纯水；样本体积不超过100ul;4）提供Qubit检测浓度，基于OD值的检测方法，例如NanoDrop,会严重高估浓度。2、细胞样本：常规WGBS，不少于5x10*6个细胞；微量WGBS，5000个细胞1）收集贴壁或者悬浮细胞、使用预冷的1×PBS，洗涤2次，600g离心5分钟；2）***一次离心后，尽量去除上清PBS，保留细胞沉淀;3、全血样本：2-5ml外周血使用普通EDTA抗凝管，避免使用肝素抗凝管。4、动植物组织：动物组织，30mg以上;植物组织，不同组织。

    焦磷酸测序(Pyrosequencing)随着技术的不断改进，现在认为焦磷酸测序技术（Pyrosequencing）是甲基化检测新的金标准。焦磷酸测序作为一种新的序列分析技术，能够快速地检测甲基化的频率，对样品中的甲基化位点进行定性及定量检测，为甲基化研究提供了新的途径。在序列延伸过程中，根据C和T的掺入量来定量确定单个位点的C-T比例。因此，不同位点的甲基化变异就能被准确检测，并给出精确的甲基化程度的数据。QIAGEN公司在焦磷酸测序的应用上具有明显的优势，目前提供三种焦磷酸测序仪器，通量由低到高，适合不同的应用。PyroMarkQ24的强项在于可对多达24个样品进行焦磷酸测序。需要大样品量的应用更适合在PyroMarkQ96ID上进行。在考虑到处理成百上千个样品所需的大量试剂时，运行通量**化可能会使实验成本变得很高。而PyroMarkQ96MD装有一台高度灵敏的光检测摄像头，可以在减少试剂量的情况下对少量的DNA模板进行准确测序。这些不同平台的推出，对于我们实际研究提供了更有效的检测手段。 WGBS技术及应用是有力方案。

    RIP-seqRNAImmunoprecipitation是研究细胞内蛋白与RNA相互作用的技术，是了解转录后调控网络动态过程的有力工具，能更有效地发现miRNA的调节靶点。这种技术运用针对目标蛋白的抗体把相应的RNA-蛋白复合物沉淀下来，然后经过分离纯化就可以对结合在复合物上的RNA进行测序分析。RIP可以看成是普遍使用的染色质免疫沉淀RIP技术的类似应用，但由于研究对象是RNA-蛋白复合物而不是DNA-蛋白复合物，因此RIP实验的优化条件与ChIP实验并不相同。RIP实验下游结合二代测序技术称为RIP-seq，通过高通量测序和分析，深度解析与目标蛋白相互结合的RNA的区域或种类和相互作用强弱。应用领域1.高效获取蛋白所结合的RNA，在全转录组范围得到与蛋白有相互作用的RNA，包括mRNA、lncRNA、circRNA、microRNA。2.准确获取蛋白结合RNA的特征，通过RNA结合区域的富集得到蛋白结合的RNA位置。3.通过motif分析获取蛋白结合序列的偏好性。技术优势***的确定蛋白质在细胞自然状态下与RNA结合的研究手段，可以有效的鉴定一个蛋白是否是RNA结合蛋白以及RNA结合蛋白与哪些RNA直接作用，并确定其结合位点。，得知相互作用RNA的类型。，可通过分析可得知与蛋白作用的RNA序列。 高通量BSP测序结果多种展示形式。山东单细胞测序技术服务售后服务

850K芯片为半金标准，价格低，分析简单，较为适合EWAS类型的课题。重庆RIP-seq技术服务

相比之下，VeraCode GoldenGate甲基化分析技术更适合中通量的筛选及验证研究，它以以矩阵微珠芯片(Sentrix Array Matrix(SAM)）形式分析48至384个用户指定的CpG位点。首先，将亚硫酸氢盐处理的基因组DNA 与分析oligo混合，oligo与未甲基化位点的U互补，或者与甲基化位点的C互补。杂交之后，引物延伸，并连接上位点特异的oligo来产生通用 PCR的模板。***，用标记的PCR引物生成可检测的产物。据Illumina的产品**介绍，其产品的**优势在于单个CpG位点的分辨率。其它分析将甲基化定位在一段区域，而通过Illumina分析，你能精确测定某个CpG位点的甲基化水平。重庆RIP-seq技术服务