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亚硫酸盐结合测序是DNA甲基化检测的“金标准”方案。除了全基因组甲基化测序等研究手段,对于目标基因/位点检测或者转化医学应用研究来说,需要灵活的靶向甲基化测序方案。BSP(BisulfiteSequencingPCR)结合高通量测序的TargetBisulfiteSequencing满足几个到上百个基因/位点的验证需求,具有高通量、低成本的优势,***用于临床大样本多位点的甲基化biomarker筛选及高水平文章甲基化验证环节。微生物定植对肠道免疫和代谢相关基因DNA甲基化的影响——团队成员发表.(IF=)我们以早产幼猪为模型,利用RRBS测序比较正常(n=7)和口服***(n=7)的肠道DNA甲基化差异,发现与先天免疫应答、吞噬和代谢等相关基因的DNA甲基化和表达存在***的差异,并通过高通量BSP测序对EGFL7、LBP8、PTPRE差异甲基化基因进行了验证。 通过甲基化数据与耐药基因Panel数据联合分析。上海WGBS技术服务方案
甲基化敏感性高分辨率熔解曲线分析(MS-HRM)
通过熔解曲线分析可以将单碱基序列的差异转变成熔解曲线的差异,因此DNA样本经过亚硫酸氢盐处理后,甲基化与未甲基化DNA会存在序列差异,这种差异可通过熔解曲线分析来发现。使用该方法进行甲基化分析*需一对引物,相对简单,不过这种方法对仪器的要求颇高,需要带HRM模块的荧光定量PCR仪,并且在进行实时定量PCR过程中,需要使用饱和的荧光染料。利用MS-HRM技术进行甲基化检测只能对检测片段整体甲基化情况进行分析,并不能明确每个CpG位点的甲基化状态。因此这种技术适用于大量样本的检测,筛选出感兴趣的CPG位点,然后利用其他方法进行单个位点的精确检测及甲基化程度的精确定量。 陕西WGBS技术服务售后分析TBS具有高深度、定量、高准确性 。
DNA甲基化修饰类型。5mc是表观遗传**重要的一种修饰,***存在于植物、动物等真核生物基因组中,被誉为“第五碱基”;5hmc是***发现的一种修饰碱基,成为哺乳动物的“第六碱基”;6mA在细菌、藻类及动植物基因组中存在。1992年,Frommeretal.将重亚硫酸盐处理结合测序进行DNA甲基化检测。从此,BisulfiteSequencing(BS)成为金标准方案。其特点是:单碱基分辨率;结合测序。甲基化5mc检测的金标准——BisulfiteSequencing。Wholegenomebisulfitesequencing,WGBS——DNA甲基化检测**有力的工具。ImprovedReduceRepresentationBisulfiteSequencing,强化RRBS——高性价比DNA甲基化检测方案。TargetedBisulfiteSequencing,高通量BSP——目标位点/基因甲基化验证方案。
cfDNA,cellfreeDNA,就是血液中游离的自身DNA,这些DNA多是从身体的细胞或者白血球破裂释放出来的,基本上都是无害的,不用多久会被自身清理掉。不过值得一提的是,当孕妇怀孕的时候,胎儿的DNA也会同时释放到母亲的血液里头去,这是当前火热的无创唐氏筛查的基础。通过抽取母亲的外周血测序分析其中的游离DNA就可以判断胎儿是否存在整个染色体或者大片段DNA的变异。有研究已经证实,**患者外周血中的cfDNA总量,要高于健康人。通过这一点,虽然不能武断的说cfDNA能成为**标志物,但是cfDNA的含量增多,能起到一个较好的提示作用,作为一个初筛的手段。基于cfDNA的液态活检中,尽管ctDNA在**诊断中的应用是当下cfDNA*****,研究**深入的分支。但是,cfDNA作为液态活检,不只是局限于**学。例如,有研究报道对于接受***移植手术的病人,可以通过监测术后外周血中具有捐献者基因特征,片段化的cfDNA含量变化,来评估移植***的排斥情况。 羟甲基化DNA免疫沉淀测序是通过5hmC特异性抗体富集结合高通量测序技术。
将待测DNA经过亚硫酸盐处理,通过PCR扩增过程引入T7启动子序列,经T7DNA聚合酶的体外转录过程得到各样本RNA产物,经碱基特异性酶切处理,得到RNA小片段,并用飞行质谱检测每个片段的分子量,***EpiTYPER程序完成数据的自动化处理并报告每个检测片段的甲基化程度。技术优势·检测片段长:扩增片段长度可达500bp·高灵敏度:可发现低至5%甲基化水平,样本起始量低至10ng。·重复性好:变异系数CV≤5%。·高性价比:用384孔板进行PCR反应,一个扩增产物可以进行多重CpG位点分析,无需后续验证,可直接用于文章发表。服务内容1.根据客户提供的序列信息进行预评估;2.进行样本DNA的分离、纯化、质检及亚硫酸盐修饰。3.使用特殊设计的一对引物扩增样本,得到带有T7RNA聚合酶启动子序列的扩增产物。4.在体外转录体系中,利用T7RNA聚合酶,将扩增产物转录为RN**断。5.利用RNaseA能够特异性识别并切割RNA中U3’端的特性,将RN**断切割成携带有CpG位点的小片断。6.使用sequenom®MassArray飞行质谱分析系统检测产物。由于同一片断中,只有CpG和CpA之间16Da的分子量差别,即质谱图中两者峰的差距。 全基因组甲基化分析及特异位点甲基化检测。浙江cfDNA甲基化技术服务售后分析
焦磷酸测序技术服务基于QIAGEN公司的PyroMark Q96 ID平台。上海WGBS技术服务方案
DNA甲基化作为表观遗传学研究的重要范畴,已经越来越受到研究者的关注。近些年来,随着DNA甲基化与组蛋白甲基化的联合作用机制、RNA干扰机制及去甲基化机制的发现,使得DNA甲基化研究受到***关注,从医学领域扩展到动植物研究当中,同时在研究方法上也取得了很大的突破。现在用于DNA甲基化检测的方法大概有十多种,从应用上来分,大致可以分成两类:全基因组甲基化分析及特异位点甲基化检测。下面,我们就这两大类检测技术进行分析比较,以便于在实际的科研工作中进行选择。上海WGBS技术服务方案