湖北生信分析小基因组测序服务

    内共生起源学说认为，线粒体和叶绿体分别起源于原始真核细胞内共生的能进行有氧呼吸的细菌和进行光能自养的蓝细菌。该学说认为真核细胞的祖先是一种体积巨大、不需氧的、具有吞噬能力的细胞.通过糖酵解获取能量。而线粒体的祖先是是一种革兰氏阴性菌，可以利用体内三竣酸循环的酶系和电子传递链在有氧条件下将糖酵解产生的**酸进一步分解，释放更高的能量。这种细菌被原始真核细胞吞噬以后，有可能在长期互利共生中演化形成了现在的线粒体。与此类似，叶绿体的祖先推测是原核生物的蓝细菌，即蓝藻。它被原始真核细胞摄入后，在共生关系中，逐渐演化为叶绿体。由于长期的互利共生，需氧细菌和蓝细菌逐渐失去了原有的一些特征，关闭、丢失或向宿主细胞核中转移了一些基因，形成了线粒体和叶绿体的半自主性。 那么小基因组测序的优势都有哪些呢？湖北生信分析小基因组测序服务

    2018年《ScientificReports》发表了五味子植物的叶绿体进化研究[3]，就通过叶绿体基因组的SSR研究等，讨论了物种的动态演化过程。可见，通过对序列信息的深入解析，就可以获得包括物种分类，系统进化，地理谱系遗传等信息——无论是动物还是植物，无论是叶绿体研究还是线粒体研究，都可以实现系统进化和选择压力的分析。除此以外，我们可以将所有样本中均存在的同源基因作为共有基因（Coregene），去掉共有基因后，得到非共有基因（Dispensablegene）。特有基因（Specificgene）为只有该样品特异拥有的基因。所有非共有基因与共有基因合并作为泛基因集（Pangene）。其***有基因（Coregene）和特有基因（Specificgene）很可能与样品的共性和特性相对应，可以作为样本间功能差异的研究依据。叶绿体和线粒体基因组研究，圆满真的不止步在一个圆，透过各式各样的比较基因组分析，可以撰写出许多精彩绝伦的故事来。 湖北生信分析小基因组测序服务云生物提供系统进化树分析。

线粒体基因组与疾病研究：线粒体是生物细胞内的能量工厂，具有单独的基因组。线粒体是核外**含有遗传效应物质的细胞器,能够**进行基因的转录、翻译和蛋白质的表达，起基因组约占人类基因组的1%，比核DNA突变率高约10倍,损伤修复能力比核DNA低。研究线粒体基因组序列，有助于研究细胞代谢，线粒体遗传病及法医研究等。云生物拥有多种物种线粒体基因组检测**，可以快速准确的测序线粒体基因组。同时利用数字PCR仪，还可对线粒体数目进行精确的拷贝数定量，还可以用焦磷酸测序仪对线粒体多态性和异质性进行检测。

    共有和特有基因分析：所有样本中均存在的同源基因作为共有基因（Coregene），去掉共有基因后，得到非共有基因（Dispensablegene），特有基因（Specificgene）为只有该样品特异拥有的基因。所有非共有基因与共有基因合并作为泛基因集（Pangene）。其***有基因（Coregene）和特有基因（Specificgene）很可能与样品的共性和特性相对应，可以作为样本间功能差异的研究依据。使用cd-hit（，）软件对需要分析的多个样品的蛋白序列进行聚类，设置了对Identity和比对长度的筛选参数（要求聚类的identity>50%，coverage>50%），根据软件分析结果得到所有蛋白序列的聚类情况。 云生物专业小基因组测序服务。

    首先，我们来看看无论在植物中还是动物中，无论是叶绿体研究还是线粒体研究中都可以开展的一些研究内容：First，比较基因组研究的内容，也是**常见的研究内容：对已知的基因组进行比较分析，用于了解基因的功能，表达机理及物种进化，通过基因和基因组结构的比较，可以阐释物种进化关系及基因组的内在结构。如18年发表在《InternationalJournalofMolecularSciences》上的四种菊科植物的叶绿体基因组研究中，就利用比较基因组的方法，直观展现了蒲公英科植物叶绿体基因组的序列多样性，也解释了4种植物叶绿体基因组大小差异的来源。而在18年发表在《BMCGenomics》杂志的虎耳草科植物叶绿体基因组研究中[2]，则通过比较基因组系统说明5种虎耳草植物的叶绿体基因组保守性。不**于此，通过IR区的扩张与收缩研究，可以获悉导致相关基因拷贝数的变化，或者导致边界区域假基因的产生，以此来描述造成不同谱系间叶绿体基因组大小差异的原因。同时，比较参考基因组，也可以比较获得样本基因组中的SNP，InDel，SV等信息，当然这些信息除了便于我们统计各类标记的分布，也可以比较研究样本基因组与参考基因组的结构差异。 一个好的小基因组测序需要具备哪些特点您了解吗？湖北生信分析小基因组测序服务

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    复旦大学脑科学研究院朱剑虹教授、基础医学院沙红英博士研究组与安徽医科大学曹云霞研究组合作，创新性进行极体基因组移植用于预防遗传线粒体疾病研究。该研究论文于2014年6月在国际刊物《细胞》上发表。论文**作者单位包括复旦大学医学神经生物学国家重点实验室、复旦大学附属华山医院神经外科、复旦大学脑科学研究院、基础医学院等，第二作者单位为安徽医科大学**附属医院妇产科生殖中心。我校上海医学院临床医学八年制医学生王天同学、沙红英博士及安徽医科大学纪冬梅医师为该论著的共同**作者，沙红英博士和朱剑虹教授为共同通讯作者，曹云霞教授和朱剑虹教授为共同***作者。该研究在国际上发表后获得高度评价。《自然》和《自然遗传学-综述》杂志分别发表题为《阻断遗传病变异传递》和《聚光灯下的线粒体置换技术》的文章，介绍中国的发明，并称“重要的是证明极体移植的可行性，并***提高了线粒体移植疗法的效率”。美国医学遗传学会**称该研究“为线粒体疾病干预提供新假设、新发现、新手段”。线粒体置换技术是当前国际生物医学的高科技前沿，我国遗传性线粒体疾病患者数量很大，该研究表明极体移植线粒体置换技术有潜在和重要的临床应用前景。。 湖北生信分析小基因组测序服务