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血清甲基化用于乳腺*转移早期筛查

Methylation patterns in serum

DNA for early identification of disseminated breast cancer. Genome

Med. 2017;22;9(1):115. (IF=

8.898)

本课题通过RRBS甲基化测序筛选组织(n=31)样本, 确定了18个乳腺*特异性甲基化位点，选择其中6个位点在大样本量血清样本(n=110)中得到进一步验证; 并通过更大量血清样本(n=1344), **终筛选出血清EFC#93甲基化位点为早期诊断和***转移性乳腺*Biomarker。 重亚硫酸盐处理结合测序是目前检测甲基化的金标准。陕西6mA技术服务怎么样

相比之下，VeraCode GoldenGate甲基化分析技术更适合中通量的筛选及验证研究，它以以矩阵微珠芯片(Sentrix Array Matrix(SAM)）形式分析48至384个用户指定的CpG位点。首先，将亚硫酸氢盐处理的基因组DNA 与分析oligo混合，oligo与未甲基化位点的U互补，或者与甲基化位点的C互补。杂交之后，引物延伸，并连接上位点特异的oligo来产生通用 PCR的模板。***，用标记的PCR引物生成可检测的产物。据Illumina的产品专家介绍，其产品的**优势在于单个CpG位点的分辨率。其它分析将甲基化定位在一段区域，而通过Illumina分析，你能精确测定某个CpG位点的甲基化水平。江苏技术服务售后分析ChIP-Seq 能实现真正的全基因组分析。

Chip-Seq 是指通过染色质免疫共沉淀技术（ChIP）特异性地富集目的蛋白结合的DN**段，并对其进行纯化和文库构建；然后对富集得到的DN**段进行高通量测序，通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上，从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的 DNA 区段信息，是目前在全基因组水平研究蛋白结合靶DNA序列的重要手段，为转录因子、组蛋白修饰、核小体定位等表观遗传学的研究提供有效方法。

应用领域

1、确定组蛋白修饰的位置及其与基因表达的关系。

2、完成对转录因子及其它蛋白在基因组上结合位点的精细定位。

3、研究特定的核小体或组蛋白的分布。

亚硫酸氢盐测序PCR(BSP)

这种方法一度被认为是DNA甲基化分析的金标准。它的过程如下：经过亚硫酸氢盐处理后，设计引物进行PCR扩增目的片段，并对PCR产物进行克隆测序，将序列与未经处理的序列进行比较，判断CpG位点是否发生甲基化。这种方法可靠，且精确度高，能明确目的片段中每一个CpG位点的甲基化状态，但因为涉及到测序，其结果准确但要求克隆时所挑克隆较多，操作繁琐，不易大批量操作。另外，甲基化程度的定量依赖于挑选克隆的数目，因此这种方法只能算得上是一种半定量的技术方法。

目前一般会先用BSP找到甲基化位点，然后根据甲基化位点设计MSP引物，进行相应PCR条件摸索，以用于大量样本的筛选。 5hmc是发现的一种修饰碱基，成为哺乳动物的“第六碱基”。

甲基化特异性PCR（MS-PCR）

DNA在亚硫酸氢盐作用后，DNA CpG若无甲基化，则序列中的C改变为U，若有甲基化则保持不变，因此从理论上讲，用不同的引物做PCR，即可检测出这种差异，从而确定基因有无CpG岛甲基化。因此根据目的基因修饰前后的改变，就可以相应设计M和U引物，有时我们需要设计两轮引物。

这种方法灵敏度高，无需特殊仪器，因此经济实用，是目前应用**为***的检测方法。不过也存在一定的局限性，预先需要知道待测片段的DNA序列，引物的设计非常重要。另外，亚硫酸氢盐处理也十分关键，若处理不完全则可能导致假阳性的出现。 RRBS开发的初衷就是为人和哺乳动物，提供全基因组范围的、高性价比的甲基化检测金标准方案。陕西hMeDIP-Seq技术服务售后服务

强化版RRBS技术及应用是高性价比方案。陕西6mA技术服务怎么样

    RIP-seqRNAImmunoprecipitation是研究细胞内蛋白与RNA相互作用的技术，是了解转录后调控网络动态过程的有力工具，能更有效地发现miRNA的调节靶点。这种技术运用针对目标蛋白的抗体把相应的RNA-蛋白复合物沉淀下来，然后经过分离纯化就可以对结合在复合物上的RNA进行测序分析。RIP可以看成是普遍使用的染色质免疫沉淀RIP技术的类似应用，但由于研究对象是RNA-蛋白复合物而不是DNA-蛋白复合物，因此RIP实验的优化条件与ChIP实验并不相同。RIP实验下游结合二代测序技术称为RIP-seq，通过高通量测序和分析，深度解析与目标蛋白相互结合的RNA的区域或种类和相互作用强弱。应用领域1.高效获取蛋白所结合的RNA，在全转录组范围得到与蛋白有相互作用的RNA，包括mRNA、lncRNA、circRNA、microRNA。2.准确获取蛋白结合RNA的特征，通过RNA结合区域的富集得到蛋白结合的RNA位置。3.通过motif分析获取蛋白结合序列的偏好性。技术优势***的确定蛋白质在细胞自然状态下与RNA结合的研究手段，可以有效的鉴定一个蛋白是否是RNA结合蛋白以及RNA结合蛋白与哪些RNA直接作用，并确定其结合位点。，得知相互作用RNA的类型。，可通过分析可得知与蛋白作用的RNA序列。 陕西6mA技术服务怎么样