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    复旦大学脑科学研究院朱剑虹教授、基础医学院沙红英博士研究组与安徽医科大学曹云霞研究组合作，创新性进行极体基因组移植用于预防遗传线粒体疾病研究。该研究论文于2014年6月在国际刊物《细胞》上发表。论文**作者单位包括复旦大学医学神经生物学国家重点实验室、复旦大学附属华山医院神经外科、复旦大学脑科学研究院、基础医学院等，第二作者单位为安徽医科大学**附属医院妇产科生殖中心。我校上海医学院临床医学八年制医学生王天同学、沙红英博士及安徽医科大学纪冬梅医师为该论著的共同**作者，沙红英博士和朱剑虹教授为共同通讯作者，曹云霞教授和朱剑虹教授为共同***作者。该研究在国际上发表后获得高度评价。《自然》和《自然遗传学-综述》杂志分别发表题为《阻断遗传病变异传递》和《聚光灯下的线粒体置换技术》的文章，介绍中国的发明，并称“重要的是证明极体移植的可行性，并***提高了线粒体移植疗法的效率”。美国医学遗传学会**称该研究“为线粒体疾病干预提供新假设、新发现、新手段”。线粒体置换技术是当前国际生物医学的高科技前沿，我国遗传性线粒体疾病患者数量很大，该研究表明极体移植线粒体置换技术有潜在和重要的临床应用前景。。 山东小基因组测序小基因组测序要多少钱云生物自主研发的细胞器基因组富集提取技术。

线粒体、叶绿体的内膜和外膜存在明显的性质和成分差异。外膜与真核细胞 的内膜系统具有性质上的相似，可与内质网和高尔基体膜融合沟通；而它们的内膜则与细菌质膜相似，内陷折叠形成细菌的间体、线粒体的蜡和叶绿体的类囊体。在膜的化学成分上，线粒体和 叶绿体内膜的蛋白质与脂质的比值远大于外膜，接近于细菌质膜的成分。这些特性都暗示线粒体和叶绿体的内膜起源于**初的共生体（呼吸细菌和蓝细菌）的质膜，而外膜则来源于它们的宿主 （共生体进入宿主细胞时包被形成）。

    采用二代IlluminaHiseq结合三代PacBio测序技术对样本DNA进行基因组测序，分别构建了IlluminaPE文库（300-500bp）和PacBio文库（8~10kb），对获得的测序数据利用生物信息学分析方法完成基因组完成图绘制。信息分析主要分为6大步骤：1．下机数据质控。过滤测序质量值低的reads，过滤duplicationreads，获得高质量的Cleandata；2．基因组组装。利用组装软件对Cleandata进行组装，多次调整参数及补洞后获得基因组完成图序列；3．基因组组分分析。组装完成后，分析样品的基因组组分，包括编码基因、ncRNA等；4．基因功能注释。与通用功能数据库比对获得样本的基因功能注释信息，并对特定功能进行分类；5．比较基因组分析。从基因组、基因两个层面比较样品与参考基因组的差异，包括共线性比较，SNP、Indel、SV检测，Core-Pan分析，物种进化分析等；6．基因组可视化分析。将编码基因、ncRNA、基因组GC%等信息以圈图的形式展示。 云生物提供系统进化树分析。

    叶绿体基因组楝科植物叶绿体揭示物种进化遗传标记：新测序的楝科植物（Cedrelaodorata）基因图谱见下图。与已发表的印度楝（）质体基因组相比，这四个物种cpDNA基因含量和基因顺序几乎相同，不同之处在于IRa/SSC边界处的ycf1基因未注释为假基因；18个独特的基因被注释为在四个新测序的楝科物种中包含内含子；而在印度楝（Azadirachtaindica）中的petD和rps12基因的中缺少内含子。为了研究楝科植物基因组序列的多样性，MVista共线性表明，这四种新测序的cpDNA与印度楝树（Azadirachtaindica）相比相似性较低，基因间区域和rpl16内含子（LSC）存在大的缺失。共有序列比对表明以下区域显示出比较高的变异频率：1-10,000bp，具有923个可变位置（top1）;120,000-130,000bp，771个位置（top2）;130,000-140,000bp，13,000个位置（top3）。top1区域位于LSC的5个主要部分，包括psbA,matK,rps16,psbK和psbI。top2-和top3-区域连接并**ndhF下游的SSC、SSC/IRb边界。 植物叶绿体和线粒体怎么取样？山东动植物线粒体基因组小基因组测序多少钱

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虎耳草科植物cpDNA的重复序列和热点区域：O. rupifraga-BJCP cpDNA***鉴定出58个gSSRs。其中，44个位于LSC区域，而8个和6个分别位于IR和SSC区域。 在这些SSR中，43个mo**1个di-，4个tetra-。在O. rupifraga和M. rossii的叶绿体基因组中，分别检测到15和17个正向重复序列序列（>30bp），3个叶绿体基因组中都检测到17个回文重复序列。在cpDNA中同事检测到60bp、61bp、62bp和79bp长重复序列。热点区域将为随后的Oresitrophe和Mukdenia的系统地理学和分化历史研究提供重要的遗传信息。 山东小基因组测序小基因组测序要多少钱