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安捷伦公司芯片平台因其强大的eArray探针设计平台，可以进行芯片的定制。在甲基化领域同样适用。合作伙伴利用Agilent芯片平台设计了一款专门针对**启动子区域CpG岛的甲基化芯片。绝大多数基因是针对基因的启动子区域的CpG岛设计探针。这款芯片上一共有4160个功能注释比较明确的基因，其中2128个和**发生有关系。从功能上分，有256基因和细胞凋亡有关，1273个基因和信号传导有关，487个基因和压力和衰老有关。采用的是8*60K的芯片格式。利用MeDIP原理进行甲基化检测的方法探针的分辨率可以精确到100 bp。强化版RRBS技术及应用是高性价比方案。北京TBS技术服务怎么样
ATAC-seq（AssayforTransposase-AccessibleChromatinwithhighthroughputsequencing）是使用高通量测序对Tn5转座酶可接近的核染色质区域进行测序分析的一种研究技术；该技术由美国斯坦福大学的研究人员开发，2013年***发表在NatureMethods（Buenrostroetal.,2013）。通过转座酶对特定时空下开放的核染色质区域进行切割，获得在该时空下基因组中所有活跃转录的调控序列。应用领域，通常并不单独使用。作为检测表观遗传-染色质开放状态现象的方式，与样本基因表达谱紧密相连，从靶标基因的表观状态关联到表达水平，具有强大的数据挖掘作用。2.通过关联基因组、外显子，染色质免疫共沉淀（组蛋白修饰或转录因子结合）测序信息，形成：表观调控-基因组-基因表达的完整调控链。 江苏Chip-seq技术服务经验丰富通过甲基化数据与耐药基因Panel数据联合分析。
全基因组甲基化测序(WholeGenomeBisulfiteSequencing,WGBS)是结合重亚硫酸盐Bisulfite处理和高通量测序，对有参考基因组进行全基因组的单碱基分辨率的甲基化检测“金标准”方案，***用于人、哺乳动物及农林牧渔方向的高水平甲基化研究。WGBS满足全基因组DNA甲基化图谱及疾病关联分析、基因调控分析、疾病的甲基化标志物筛选等探索性课题的研究。灵长类早期着床前胚胎发育中的DNA甲基化重编程研究——(团队成员发表).(IF=)灵长类胚胎发生的关键表观遗传调控需要DNA甲基化重编程。我们首先建立了基于转座酶的超微量WGBS测序技术，详细研究了猕猴早期着床前胚胎7个阶段(Sperm、Oocytes、Zygotes、2-cell、8-cell、Morula和ICM)的DNA甲基化动态变化过程。******阐明了DNA甲基化动力学的“盈与亏”阶段特征，并通过DNA甲基转移酶功能缺失实验表明DNA甲基化影响早期猴胚胎发育。
甲基化-焦磷酸测序（升级版）之前的仪器是Q96，也就是说同时可以上96个反应，但是有效读长只有50bp左右（50bp之后开始衰减，后面的序列只能作为参考）；升级版的Q48，也就是48孔，每次上48个反应，但有效长度可以到100bp左右，而且之前很多不能测过去的特殊结构，现在大部分也能测了。甲基化--------焦磷酸测序的优势。样品要求·样品类型细胞、新鲜组织或DNA样品·样品量细胞样品请提供至少1×106个细胞，组织样品请提供至少100mg的组织块或切片，DNA样品请提供1μg以上的DNA·样品质量基因组DNA无明显降解，主带清晰，大于23Kb，无明显弥散。OD260/280值在～，浓度≥50ng/μl·样品保存细胞样品或新鲜组织块（切成～50mg的小块）可液氮冻存后，-80℃保存。DNA样品可溶于乙醇或超纯水中，-80℃保存。样品保存期间避免反复冻融·样品运输样品置于ml冻存管中，封口膜封好。 RRBS用于人、哺乳动物及鱼类方向的高水平甲基化研究。
**预防和***的一个手段是通过去甲基化恢复某些关键的抑*基因或DNA修复基因的活性，目前研究**多的是DNMTs***剂，它通过***DNMT活性以逆转异常的DNA甲基化。**个表型修饰药物为5-azacytidine及其类似物5-aza-2'-deoxycytidine（5-aza-CdR），这类药物已经美国FDA批准用于白血病前骨髓增生异常综合征的***。5-aza-CdR是胞嘧啶的类似物，在DNA复制过程中可以掺入到DNA链中，一方面它可以降低DNA接收甲基的能力，另一方面它***DNMT活性，导致DNA甲基化水平的降低。体外和体内试验均表明，5-aza-CdR具有降低超甲基化的抑*基因甲基化水平从而*****的能力，临床表明应用5-aza-CdR可提高部分IV期小细胞肺*患者生存率，但该药也存在着不可忽视的毒副作用（如特异性不强，不能针对某一特定抑*基因进行靶向***；高剂量的5-aza-CdR可能诱发**的转移），因此其在临床上的应用受到了很大限制。也有研究表明，低剂量的As2O3可起到***肝*的目的。 甲基化验证方案是TBS。浙江hMeDIP-Seq技术服务方案
WGBS和RRBS都是金标准技术, CNS发表文章都很多，广发被接受。北京TBS技术服务怎么样
微生物定植对肠道免疫和代谢相关基因DNA甲基化的影响——团队成员发表
Early microbial colonization
affects DNA methylation of genes related to intestinal immunity and metabolism
in preterm pigs. DNA Res. 2018 Jan 19. (IF= 5.415)
我们以早产幼猪为模型，采用RRBS测序，比较正常(CON,
n=7) 和口服*** (AB, n=7)早产猪的肠道DNA甲基化差异，发现***减少了细菌密度及多样性，同时改变了DNA甲基化水平。其中与先天免疫应答、吞噬、内皮稳态和组织代谢等相关基因的DNA甲基化和表达存在***的差异。这种有赖肠道菌群的表观遗传修饰参与调控肠道免疫及营养代谢等，可能对早产儿的短期和长期的肠道健康至关重要。 北京TBS技术服务怎么样