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技术优势
1、ChIP-Seq 能实现真正的全基因组分析。目前所能获得的芯片上固定的探针只能**全基因组部分序列,所获得的杂交信息具有偏向性。
2、对于结合位点分析,ChIP-Seq 通过寻找“峰”,结合分辨率可精确到10~30 bp,而芯片上探针由于长度所限,无法精确定位,即使目前比较高水平的商业芯片都无法提供可与ChIP-Seq 媲美的分辨率。
3、是所需样本数量。ChIP-chip 需要多达4~5 μg?的起始样本,在杂交之前需要进行LM-PCR,但可能导致背景增高,竞争性扩增等导致假阳性。而ChIP-Seq *需要纳克级起始材料,如SOLiD 起始材料可低至20ng。 细胞、全血、组织样本干冰运输。浙江RRBS技术服务欢迎咨询
DNA甲基化对基因表达调控起着动态的重要作用。 借助MethylationEPIC BeadChip,研究人员可以基于单核苷酸分辨率定量检测基因组中的850,000多个甲基化位点。包括FFPE在内的多重样本可以并行分析,以便在每样本比较低成本的情况下实现高通量功能。依托业界**的Infinium实验分析方法,MethylationEPIC BeadChip是全表观基因组关联研究(EWAS)的理想之选。它提供了由**精选的***的覆盖范围,囊括99%的RefSeq基因,95%的CpG岛,高覆盖度的增强子区域和其他内容类别。由于超过90%的Infinium HumanMethylation450K位点内容都涵盖在内,因此新一代MethylationEPIC试剂盒对这些位点也完全支持。重庆cfDNA甲基化技术服务服务DNA甲基化作为表观遗传学研究的重要范畴。
MethylationEPICBEadChip兼具***的覆盖范围和高通量功能,因此是EWAS的理想之选。其他优势包括:***的全基因组覆盖范围(>850,000个甲基化位点)CpG岛非CpG和差异甲基化位点FANTOM5增强子ENCODE染色质ENCODE转录因子结合位点miRNA启动子区域实验分析方法重现性98%(针对技术性重复)98%(针对传统HumanMethylation450K芯片对照,MethylationEPIC芯片采用的相同样本)>90%(针对HumanMethylation450K位点内容)用户友好的简化工作流程与FFPE样本兼容MethylationEPICBeadChip遵循用户友好的简化的工作流程,可以从低样本起始量(低至250ng)同时处理多达96个样本该甲基化芯片针对常规样本和FFPE样本提供单CpG位点级别的定量测量,因此能实现超级精细的解析度,方便用户了解表观遗传的变化。
cfDNA,cellfreeDNA,就是血液中游离的自身DNA,这些DNA多是从身体的细胞或者白血球破裂释放出来的,基本上都是无害的,不用多久会被自身清理掉。不过值得一提的是,当孕妇怀孕的时候,胎儿的DNA也会同时释放到母亲的血液里头去,这是当前火热的无创唐氏筛查的基础。通过抽取母亲的外周血测序分析其中的游离DNA就可以判断胎儿是否存在整个染色体或者大片段DNA的变异。有研究已经证实,**患者外周血中的cfDNA总量,要高于健康人。通过这一点,虽然不能武断的说cfDNA能成为**标志物,但是cfDNA的含量增多,能起到一个较好的提示作用,作为一个初筛的手段。基于cfDNA的液态活检中,尽管ctDNA在**诊断中的应用是当下cfDNA*****,研究**深入的分支。但是,cfDNA作为液态活检,不只是局限于**学。例如,有研究报道对于接受***移植手术的病人,可以通过监测术后外周血中具有捐献者基因特征,片段化的cfDNA含量变化,来评估移植***的排斥情况。 基于高通量测序平台的甲基化图谱分析。
RIP-seqRNAImmunoprecipitation是研究细胞内蛋白与RNA相互作用的技术,是了解转录后调控网络动态过程的有力工具,能更有效地发现miRNA的调节靶点。这种技术运用针对目标蛋白的抗体把相应的RNA-蛋白复合物沉淀下来,然后经过分离纯化就可以对结合在复合物上的RNA进行测序分析。RIP可以看成是普遍使用的染色质免疫沉淀RIP技术的类似应用,但由于研究对象是RNA-蛋白复合物而不是DNA-蛋白复合物,因此RIP实验的优化条件与ChIP实验并不相同。RIP实验下游结合二代测序技术称为RIP-seq,通过高通量测序和分析,深度解析与目标蛋白相互结合的RNA的区域或种类和相互作用强弱。应用领域1.高效获取蛋白所结合的RNA,在全转录组范围得到与蛋白有相互作用的RNA,包括mRNA、lncRNA、circRNA、microRNA。2.准确获取蛋白结合RNA的特征,通过RNA结合区域的富集得到蛋白结合的RNA位置。3.通过motif分析获取蛋白结合序列的偏好性。技术优势***的确定蛋白质在细胞自然状态下与RNA结合的研究手段,可以有效的鉴定一个蛋白是否是RNA结合蛋白以及RNA结合蛋白与哪些RNA直接作用,并确定其结合位点。,得知相互作用RNA的类型。,可通过分析可得知与蛋白作用的RNA序列。 DNA甲基化是生物界神奇的“帽子”。重庆cfDNA甲基化技术服务服务
ATAC-seq实验过程短,从实验到分析可达2周。浙江RRBS技术服务欢迎咨询
羟甲基化DNA免疫沉淀测序(HydroxymethylatedDNAImmunoprecipitationSequencing,hMeDIP-Seq)是通过5hmC特异性抗体富集羟甲基化的DN**段,然后结合高通量测序技术在全基因组水平上以较小的数据量,快速、高效地寻找羟甲基化区域。可广泛应用于羟甲基化与疾病关系研究以及羟甲基化在胚胎发育过程中的研究。技术优势从项目背景了解、协助方案设计、实验材料选取、建库测序,到数据分析每个项目有特定的科学问题;需要专业、有价值的建议;科学、缜密的设计及时高效的沟通;以保障高质量研究成果样本要求:基因组DNA:>=3ug;样品浓度>50ng/ul;无RNA和蛋白污染建库测序:测序策略:IlluminaHiSeq,PE150;测序深度:20-30Mreads信息分析基于全基因组范围的羟甲基化分析,数据质控,Peak锋Calling,Peak锋在基因组、染色体、功能元件上的分布,多样本羟甲基化差异聚类,差异羟甲基化DMR鉴定及相关基因的功能分析,结合项目背景和科学问题的数据亮点挖掘。 浙江RRBS技术服务欢迎咨询