天津植物叶绿体基因组小基因组测序要多少钱

时间:2021年04月29日 来源:

    复旦大学脑科学研究院朱剑虹教授、基础医学院沙红英博士研究组与安徽医科大学曹云霞研究组合作,创新性进行极体基因组移植用于预防遗传线粒体疾病研究。该研究论文于2014年6月在国际刊物《细胞》上发表。论文**作者单位包括复旦大学医学神经生物学国家重点实验室、复旦大学附属华山医院神经外科、复旦大学脑科学研究院、基础医学院等,第二作者单位为安徽医科大学**附属医院妇产科生殖中心。我校上海医学院临床医学八年制医学生王天同学、沙红英博士及安徽医科大学纪冬梅医师为该论著的共同**作者,沙红英博士和朱剑虹教授为共同通讯作者,曹云霞教授和朱剑虹教授为共同***作者。该研究在国际上发表后获得高度评价。《自然》和《自然遗传学-综述》杂志分别发表题为《阻断遗传病变异传递》和《聚光灯下的线粒体置换技术》的文章,介绍中国的发明,并称“重要的是证明极体移植的可行性,并***提高了线粒体移植疗法的效率”。美国医学遗传学会**称该研究“为线粒体疾病干预提供新假设、新发现、新手段”。线粒体置换技术是当前国际生物医学的高科技前沿,我国遗传性线粒体疾病患者数量很大,该研究表明极体移植线粒体置换技术有潜在和重要的临床应用前景。。 96%以上样本实现完成图水平交付。天津植物叶绿体基因组小基因组测序要多少钱

    叶绿体基因组楝科植物叶绿体揭示物种进化遗传标记:以无患子科Acerbuergerianum为外群的系统发育树显示4种新的楝科是印度楝(Azadirachtaindica)的单系姊妹进化枝。在这个分支内,Cedrelaodorata和Entandrophragmacylindricum聚类在一起,Khayasenegalensis和Carapaguianensis聚类到一起。那么楝科叶绿体基因组标签区(BarcodingRegion)存在哪些潜在的特异性cpDNA变异?这些变异有何意义?文章选取了五种楝科植物和五种非楝科物种(无患子目和蔷薇亚纲)cpDNA的matK基因(cpDNA保守基因之一,用于遗传条码)进行比较分析,旨在鉴定潜在的楝科。鉴定了16个SNP位置,其中五个楝科个体显示相同的核苷酸,其与相同位置的非楝科物种的核苷酸不同。在从GenBank下载的100个楝科物种的matK基因,序列多重比对进一步分析这16个SNP位置。其中三个SNP位于matK基因的3’-末端,编码C-末端与线粒体II内含子的结构域X同源的结构域,并且与N-末端区域相比具有更高的碱性氨基酸。潜在的楝科特异性SNP的进一步验证对木材或木制品的分类学差异具有很大意义。 辽宁动植物线粒体基因组小基因组测序多少钱突破传统mt/cpDNA分离提纯的实验壁垒,可直接利用组织总DNA获得线粒体/叶绿体基因组。

    线粒体全基因组重测序:技术流程:基因组提取—PCR—构建文库—3730测序—数据拼接—数据比对—SNP注释物种:人、大鼠、小鼠样本要求:血液、新鲜组织、细胞项目周期:20个人的线粒体基因组测序和分析共计25个工作日。备注:本公司引物为**产品,不提供引物序列。线粒体DNA拷贝数检测:技术流程:基因组提取—数字PCR检测—单细胞拷贝数分析物种:人、大鼠、小鼠样本要求:血液、新鲜组织、细胞项目周期:20个人的线粒体基因组测序和分析共计10个工作日。备注:探针引物为本公司自己设计合成,内参探针采用LIFE探针。线粒体多态性/异质性检测:1、样品采集:鉴于线粒体在不同组织中的含量差异大,建议采样时尽量采集线粒体含量相对较高的组织,比如肌肉组织等。2、样品DNA:提供货浓度≥50ng/ul,总量≥5ug,并确保电泳检测无明显RNA条带,基因组条带清晰、完整。组织样品>3、样品保存期间切勿反复冻融。4、送样务必标清样品编号。

    叶绿体基因组楝科植物叶绿体揭示物种进化遗传标记:叶绿体基因组(cpDNA)在大多数种子植物中是母系遗传,与核基因组相比,cpDNA显示出致密的基因含量和较慢的进化速率。楝科(Meliaceae)属于蔷薇亚纲无患子目,主要由***分布在热带地区得乔木和灌木组成。楝科植物具有极高的经济价值,应用叶绿体基因组开发木材种属鉴定的遗传标记具有很大的研究价值。对Cedrelaodorata,Entandrophragmacylindricum,Khayasenegalensis和Carapaguianensi四种楝科的叶绿体基因组进行测序组装,cpDNA呈环状,大小在158,558~160,737bp之间,典型的四分体结构,即由两个反向重复序列组成(IRa和IRb),分别由大(LSC)和小(SSC)单拷贝区分开。四个新测序的楝科植物的每个cpDNA中,注释了112个基因(包括78个蛋白质编码,30个tRNA和4个rRNA基因),其中18个在IR区域中重复,总共编码85种蛋白质,37种tRNA和8种rRNA共130种基因。内含子大小范围从trnL-UAA的532bp到trnK-UUU的2535bp。rps12基因存在反式剪接。 云生物小基因组测序一对一的生物信息分析。

虎耳草科植物叶绿体基因组比较:五种虎耳草叶绿体基因组相对保守,基因组没有重排;与其他叶绿体基因组相比,叶绿体基因组较小;rps16内含子从Penthorum chinense参考基因组中丢失,M. rossii和O. rupifraga中rpl2内含子丢失。 此外,IR区域在这些物种中比LSC和SSC区域更保守。LSC / IRB,IRB / SSC,SSC / IRA和IRA / LSC的边界区域**高度可变的区域,在密切相关的物种cpDNA中有许多核苷酸变化。因此,我们比较了五种虎耳草叶绿体基因组和参考基因组之间的IR边界位置及其相邻基因。结果表明,IR区域在这些物种中比LSC和SSC区域更保守。推测,具有更接近系统发育关系的物种将具有更多相似的边界特征。做小基因组测序技术服务找云生物。天津植物叶绿体基因组小基因组测序要多少钱

云生物提供叶绿体与线粒体片段交流分析。天津植物叶绿体基因组小基因组测序要多少钱

标准分析:

1.测序数据概况

(1) 原始测序数据说明

(2) 测序数据质控及统计

(3) 三代测序数据统计

2.基因组组装

3. 基因组组分分析

(1) 编码基因分析

(2) ORFs扫描及跨膜结构预测

(3) 非编码RNA分析

4. 基因功能注释

 基因组圈图

高级分析:


比较基因组分析

1.SNP检测与注释

2.Indel检测与注释

3.SV检测

4.基因组共线性分析

5.线粒体与叶绿体基因组片段交流分析

6.共有和特有基因分析

7.系统进化分析、选择压力分析

定制化生信分析

1.密码子偏好性分析

2.长重复序列Long repeat分析

3.简单重复序列SSR分析

4.基因表达量及表达差异分析(可由客户提供RNAseq) 天津植物叶绿体基因组小基因组测序要多少钱

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